| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,280,566 | T→G | 13.1% | G196G (GGT→GGG) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,566 | 0 | T | G | 13.1% | 423.7 / 5.6 | 157 | G196G (GGT→GGG) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/90); new base G (26/2); total (65/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.60e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAGCTGGCTGTACGGTCGCT‑CGCTGCGATTCCTCAGCCGCT‑GGGGCGGTGATGAAC‑CC‑GCGACGCAGATCGTCCTGCTGTTCCTGCTGCCATTCGCTTCTTAT‑CTGATTGCCGAACATATT‑G‑GCG‑TTTCCGGCATCCTCGCTGCGGTTGCCGCCGGGATGACCATCACCCGCTCCGGTGTGATGCGCCGTGCGCCGCTGGCAATGCGCCTGCGTGCAAACAGCACCTG > NC_000913/4280328‑4280802 | gcgcTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGGTTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCATCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTCGCGATGGGGACGATGATCTTTACCGTCGGCGGGGCGACGGTCGAATTTATGAAAGCAGCCACTGGCGGCTTTTCT‑GCCC‑GGtt > 1:1671520/1‑239 (MQ=255) tGGCGGCGGTGGTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTtgt < 1:1583517/238‑1 (MQ=255) ggcggcGGTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCG‑AAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑GATTCT‑TGCC‑GGgttttgggg > 2:936288/1‑234 (MQ=255) cggTGCTTTCTCCGACCGATGCTGTGGCGCTCTCCGGGATTGTTGGCGAAGGGCGCATCCCGAAAAAAATCATGGGCATTTTGCAGGGCGAAGCGTTGATGAATGACGCCTCCGGTCTGGTGTCGTTGAAGTTTGCCGTAGCAGTGGCGATGGGGACGATGATCTTCACCGTCGGCGGTGCGACGGTCGAATTTATGAAAGTAGCCATTGGCGG‑TATTCT‑CGCC‑GGTTTTGTGGTGAg < 2:140354/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |