| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 249,538 | T→G | 13.0% | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA ← | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment, flagellar biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 249,538 | 0 | T | G | 13.0% | 360.3 / 4.0 | 177 | pseudogene (533/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment, flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/73); new base G (20/14); total (90/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTC‑AGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATC‑GCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_000913/249300‑249772 | aGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTC‑AGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGGGC‑GGCAt > 2:464567/1‑239 (MQ=255) 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CTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACCGAGGCTTAAACTGATAGGCTCGATCAGCGGAATGGTTTCCCAACTGACCTGCTGCTCGC‑TGGTTTCGGTGATGGTGCGGGTC‑AGCGTTTCGAGGCTTTTCTCTTCCGCCTCCGCCGCCAGCGGCTGTTTGCTCATCCGCCAGCCGGTAAAACCAAGCAGGGCGCTGAACAGCAAAAACGGCAGGTGC‑GGCATTCCCGGTACCACCGCCAGCACGAACATAATCCCGGTGGCGGTGTAGAGCACCGACGGGCTTGCCAGCAGCTGGTTACGCACGTCATGGGCGATATC‑GCCGTTGTCGCTGACGCGGGTGACGATAATCGCCGCCGCGGTGGAGAGCAGCAGGGAAGGGATCTGCGCCACCAGGCCGTCGCCGATGGTCATCAGCACATACTGCTGGAAGGCAGCATCGGCGCTCAGGT > NC_000913/249300‑249772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |