| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 275,548 | A→G | 12.1% | E75G (GAG→GGG) | mmuP → | CP4‑6 prophage, putative S‑methylmethionine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 275,548 | 0 | A | G | 12.1% | 255.5 / 2.0 | 92 | E75G (GAG→GGG) | mmuP | CP4‑6 prophage, putative S‑methylmethionine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/46); new base G (11/3); total (43/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGAAGGTTATATGCAAACAACACAACAAAATGCGCCACTGAAGCGCACAATGAAAACGCGTCACCTGATTATGCTTTCCTTGGGCGGCGTGATTGGCACAGGATTATTCTTCAATACCGGGTACATCATTTCCACCACTGGAGCGGCGGGAACG‑CTGCTGGCCTATCTGATTGGTGCGCTGGTGGTCTGGCTGGTTATGCAGTGTCT‑GGGCGAGCTGTCGGTCGCGATGCC‑GGAGA‑CCGGA‑GCGTTTCACGTTTATGCCGCGCGCTATCTTGGTCCGGCTACCGGGTATACCGTGGCCTGGCTTTACTGGCTGACCTGGACCGTGGCGCTGGGTTCGAGCTTTACCGCCGCTGGATTCTGTATGCAGTACTGGTTTCCACAGGTGCCGGTATGGGTCTGGTGCGTGGTGTTCTGCGCGATTATTTTTGGTCTGAATGTTATCTCCACGCGCTTTTTTGCCGAAGGG > NC_000913/275314‑275780 | tAGAAGGTTATATGCAAACAACACAACAAAATGCGCCACTGAAGCGCACAATGAAAACGCGTCACCTGATTATGCTTTCCTTGGGCGGCGTGATTGGCACAGGATTATTCTTCAATACCGGGTACATCATTTCCACCACTGGAGCGGCGGGGACG‑CTGCTGGGCTATCTCATTTGTGCGCTGGGGGGGTGGCTGGGTATGCCGTGTCG‑TGGCGGACTGTCGGTCGGGGGGCC‑GGGGA‑cc > 1:387394/1‑239 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TAGAAGGTTATATGCAAACAACACAACAAAATGCGCCACTGAAGCGCACAATGAAAACGCGTCACCTGATTATGCTTTCCTTGGGCGGCGTGATTGGCACAGGATTATTCTTCAATACCGGGTACATCATTTCCACCACTGGAGCGGCGGGAACG‑CTGCTGGCCTATCTGATTGGTGCGCTGGTGGTCTGGCTGGTTATGCAGTGTCT‑GGGCGAGCTGTCGGTCGCGATGCC‑GGAGA‑CCGGA‑GCGTTTCACGTTTATGCCGCGCGCTATCTTGGTCCGGCTACCGGGTATACCGTGGCCTGGCTTTACTGGCTGACCTGGACCGTGGCGCTGGGTTCGAGCTTTACCGCCGCTGGATTCTGTATGCAGTACTGGTTTCCACAGGTGCCGGTATGGGTCTGGTGCGTGGTGTTCTGCGCGATTATTTTTGGTCTGAATGTTATCTCCACGCGCTTTTTTGCCGAAGGG > NC_000913/275314‑275780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |