| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,190,731 | T→C | 2.6% | I60V (ATT→GTT) | yehB ← | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,190,731 | 0 | T | C | 2.6% | 578.3 / 3.7 | 152 | I60V (ATT→GTT) | yehB | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/77); new base C (2/2); total (73/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
TTCCAGTTCTTCCACCCAGGCCTGCGGGACACTGAAATCGAGACGAAAAACCCCGATATCCCAGGTATAGCTCCCACCCTGAACAAGTTGCTCAAATGTTAAACATTGCTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTTGATAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAATATCGATGTCATACTGCCCCGGTAAGGGTTGATTATCATCAAGACGAATATTTGCAACCTGCTGGTCTTTCATTCCACCTATCATAAAATGGGTATCAAAGGTTTCTTCAGCTGCATAAGCTTCAATGCCGAGCAATAACGCTACGATTGCTGATGCAAGTGGGGTCATTCTCAACATAGGCAGCTCCTGCAATTAAATTTTGTCACTAATATAGTTGCCATGGTCATCGATAATGG > NC_000913/2190495‑2190967 | ttCCAGTTCTTCCACCCAGGCCTGCGGGACACTGAAATCGAGACGAAAAACCCCGATATCCCAGGTATAGCTCCCACCCTGAACAAGTTGCTCAAATGTTAAACATTGCTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTTGATAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAatat < 2:1530843/239‑1 (MQ=255)ttCCAGTTCTTCCACCCAGGCCTGCGGGACACTGAAATCGAGACGAAAAACCCCGATATCCCAGGTATAGCTCCCACCCTGAACAAGTTGCTCAAATGTTAAACATTGCTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTTGATAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAata > 2:685358/1‑238 (MQ=255) gTTCTTCCACCCAGGCCTGCGGGACACTGAAATCGAGACGAAAAACCCCGATATCCCAGGTATAGCTCCCACCCTGAACAAGTTGCTCAAATGTTAAACATTGCTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTTGATAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAATATCGATg > 1:1609807/1‑239 (MQ=255) tcttcCACCCAGGCCTGCGGGACACTGAAATCGAGACGAAAAACCCCGATATCCCAGGTATAGCTCCCACCCTGAACAAGTTGCTCAAATGTTAAACATTGCTTACCGCTGGCGAAGTTATCGCTATTAATGCCTAACCGCTTGATAACTTCTCTTGATAAACATGTTTCTTGCGGGTTGTCTTTAACAATAATCTCATATTTCCCGCGCCATTGCTTATTGACATAAATATCGATg < 2:964573/237‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |