| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,510,588 | C→T | 18.2% | R321C (CGC→TGC) | yfeO → | putative ion channel protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,510,588 | 0 | C | T | 18.2% | 226.5 / 10.9 | 112 | R321C (CGC→TGC) | yfeO | putative ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (53/34); new base T (16/2); total (69/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGG > NC_000913/2510354‑2510812 | tgattACCTCGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGACAGT‑GGCTTTcgcg < 2:91282/235‑1 (MQ=255)tGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTcgcg < 2:1534132/238‑1 (MQ=255)tGCTTACCACGGTTGCACGCGATGAGGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTcgcg < 2:132953/238‑1 (MQ=255) ttACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCCGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTTAA‑CTTTCCGCCCT‑CGGCCTTGCCTCCCCCCCT‑GGCTTTTGCGGTgg > 1:558695/1‑239 (MQ=255) 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aTGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGt < 2:1155376/239‑1 (MQ=255) aTGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGt < 1:984615/239‑1 (MQ=255) tGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTAAA‑CTTTGCGCCCT‑GGGCGTTTCTGGCGCCAGT‑GGCTTTTGCGGGGGGCGAATC‑TTCCCGGCAGTGTTTGTTGGCggt > 2:192050/1‑237 (MQ=255) 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TGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGC‑GGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCCGGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAGCACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGG > NC_000913/2510354‑2510812 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |