Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,510,649 | A→G | 15.0% | E341G (GAG→GGG) | yfeO → | putative ion channel protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,510,649 | 0 | A | G | 15.0% | 167.5 / 2.3 | 80 | E341G (GAG→GGG) | yfeO | putative ion channel protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/9); new base G (6/6); total (61/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTT > NC_000913/2510418‑2510882 | gCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCCGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCCGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCC‑GGGCGTTGCTGCCGCCCGG‑GGCCTTTGTGGTGGGCGAATC‑TTTCC‑CGCCGTGTTTTTCGGCGTGGGCTTAGGGTTGATGGTGCATTGG‑CACGtt > 1:1646168/1‑239 (MQ=255) gATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGGCGTTGCTGCCGCCCGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑CGCCGGGTTTGTCGGCGTGGCCTTTGGGGTGATGCTGCCTGAG‑CCCggttc > 2:1487804/1‑234 (MQ=255) gATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑ATTGCCGCCCT‑GGGCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTTGCGGGGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGGTTGTCGGCGTGGCCTTAGGGTTGATGCTGCCTGAG‑CACGTT‑cc > 2:767250/1‑238 (MQ=255) gATTTATTCTCGGGATTCTGGGGGGTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGG‑AATTAAA‑CTTTCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCCGT‑GGCTTTCGCGGGGGGCGAATCTTTCCC‑GGGGGGGTTT‑TCGGCGTGGCGTTTGGGGTGATGCTGCATTGG‑CACGGT‑cc > 1:620637/1‑238 (MQ=255) ggTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCC‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCCTTTGCGGTGGGCGAATC‑TTTCC‑GGCCGTGTTTGTCGGCGGCGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CCCGGT‑Accgccccacccgc > 1:479321/1‑231 (MQ=255) tCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑ATTGCCGCCCT‑GGGCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGGGGGGGAATC‑TTCCC‑GGCAGGGTTTGTCGGCGGGGCATTAGGGTGGGTGCTGCCTGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCaa > 2:1529039/1‑239 (MQ=255) gggTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCCGGGTTTGTCGGCGTGGCATTTGGGGTGATGCTGCATGAG‑Ca > 1:451038/1‑211 (MQ=255) gTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCCTTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCa > 2:201954/1‑225 (MQ=255) tATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTTCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGCATC‑TTCCC‑CGCAGTGTTTGTCCGCGTGGCCTTTGGGGTGGTGTTGGATTGG‑CACGTT‑CCCCCCGTTCCAGGCGCATTAACCGttt > 1:1142361/1‑239 (MQ=255) tATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGGGGGCGGATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGCT‑CCCGCCGTCACAGCGGCCATAACCGtt > 2:1716761/1‑238 (MQ=255) 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tttAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGGG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAAACGTTTCTTGCGCTATTCTTGGCATCgg > 2:290210/1‑238 (MQ=255) tttAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCG‑CCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGAAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGt > 2:1276556/1‑238 (MQ=255) tGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTa > 2:687442/1‑239 (MQ=255) 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ggtggCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCtggg > 2:1569370/1‑215 (MQ=255) ggtggCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CCTTCCGGCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTTGCGGCGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGCGGTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATTAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTTCGCCATTTTCGGCATCGTGCtggt > 2:124590/1‑216 (MQ=255) tggCAAATCAGG‑CCTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGG‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGGCGTTGCTGCCGCCCGT‑GGCTTTCGCCGTGGGGGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGGTTGTCGGCGTGGCATTAGGGGTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCCCCGTACCAGCGGCACTAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCCGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTCGGTAAg > 1:1137627/1‑238 (MQ=255) gg‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGGTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTTTCGGCCTCGTGCTTGTGGGAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATg > 2:691615/1‑238 (MQ=255) tcaggaccggtgttttcttttttGGTGGGGTT‑AATTAAC‑CTTCCCCCCCG‑GGGGGTTG‑TGCCCGCGGTGGGTTTTGGGGGGGGGAGAATC‑TCCCC‑GGGGTTTTTTGCCGGGGGGGCATTGGGGTTGATGCTGCGGGAG‑CCCGTC‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATggcggc < 1:687442/221‑1 (MQ=255) cACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCC‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAg > 2:1024325/1‑236 (MQ=255) ccAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAAcc > 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GCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCTGTTTAAAGGGCTGGATGAGATGCAGCAGATGGTGGCAAATCAGG‑CTTTCAGCACCAGCGATTACTTTTTGCTGGCGGT‑AATTAAA‑CTTGCCGCCCT‑GGTCGTTGCTGCCGCCAGT‑GGCTTTCGCGGTGGGCGAATC‑TTCCC‑GGCAGTGTTTGTCGGCGTGGCATTAGGGTTGATGCTGCATGAG‑CACGTT‑CCCGCCGTACCAGCGGCAATAACCGTTTCTTGCGCTATTCTCGGCATCGTGCTGGTGGTAACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTT > NC_000913/2510418‑2510882 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |