Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,206,436 | G→A | 16.3% | intergenic (‑182/‑25) | ttdR ← / → ttdA | transcriptional activator of ttdABT/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,206,436 | 0 | G | A | 16.3% | 184.2 / 9.3 | 102 | intergenic (‑182/‑25) | ttdR/ttdA | transcriptional activator of ttdABT/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/52); new base A (10/6); total (43/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTT‑CGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTA‑GTGGTAGTTTGTGGCGG‑TG‑AATTTTTCCAGA‑CAAATAC‑AAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAAC‑AGGCAGTGAATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGC‑TAACTTTACCGCCATG‑ATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGAC > NC_000913/3206202‑3206655 | actaTTTCTACCAGTACATGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTT‑CGCAAAACATGGCCATTCCCTGCTCTTGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTA‑CTGGTAGTATGTGGCGG‑TG‑AATTTTTCCAGA‑Ca < 1:178937/235‑1 (MQ=255) tttCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTT‑CGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTA‑GTGGTAGTTTGTGGCGG‑TG‑AATTTTTCCAGA‑CAAATAc < 2:9820/239‑1 (MQ=255) tttCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTT‑CGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTA‑GTGGTAGTTTGTGGCGG‑TG‑AATTTTTCCAGA‑CAAATAc < 1:798964/239‑1 (MQ=255) aGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCGGTGTATTT‑CGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCTTTGATTCCCGAACTGTTAATTACATATTCGCGGTGGCAACAAATATAAAACCAC‑ATTTTTA‑GTGGTAGTTTGTGGCGG‑GG‑AAGTTTTTCAgcccaacaccacaacat > 1:519224/1‑223 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |