Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,206,467 | A→G | 9.6% | S3G (AGC→GGC) ‡ | ttdA → | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,206,467 | 0 | A | G | 9.6% | 229.9 / 2.6 | 108 | S3G (AGC→GGC) ‡ | ttdA | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/56); new base G (6/4); total (47/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.11e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATTTTTA‑GTGGTAGTTTGTGGCGG‑TG‑AATTTTTCCAGA‑CAAATAC‑AAAAACTGGAGTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGC‑TAACTTTACCGCCATG‑ATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTT > NC_000913/3206230‑3206696 | tGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCAC‑ATGTTTA‑GTGGTAGTTTGTGGCGG‑TG‑AATTTTTCCAGA‑CAAATAC‑AAAAACTGGAGTTGCCATGATGAg < 1:1210283/239‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |