| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,248,261 | Δ1 bp | 3.1% | coding (292/1341 nt) | lamB → | maltose outer membrane porin (maltoporin) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,248,261 | 0 | G | . | 3.1% | 497.7 / 6.1 | 131 | coding (292/1341 nt) | lamB | maltose outer membrane porin (maltoporin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/50); new base . (2/2); total (79/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TGCTCAGGCAATGGCTGTTGATTTCCACGGCTATGCACGTTCCGGTATTGGTTGGACAGGTAGCGGCGGTGAACAACAGTGTTTCCAGACTACCGGTGCTCAAAGTAAATACCGTCTTGGCAACGAATGTGAAACTTATGCTGAATTAAAATTGGGTCAGGAAGTGTGGAAAGAGGGCGATAAGAGCTTCTATTTCGACACTAACGTGGCCTATTCCGTCGCACAACAGAATGACTGGGAAGCTACCGATCCGGCCTTCCGTGAAGCAAACGTGCAGGGTAAAAACCTGATCGAATGGCTGCCAGGCTCCACCATCTGGGCAGGTAAGCGCTTCTACCAACGTCATGACGTTCATATGATCGACTTCTACTACTGGGATATTTCTGGTCCTGGTGCCGGTCTGGAAAACATCGATGTTGGCTTCGGTAAACTCTCTCTGGCAGCAACCCGCTCCTCT > NC_000913/4248029‑4248485 | tGCTCAGGCAATGGCTGTTGATTTCCACGGCTATGCACGTTCCGGTATTGGTTGGACAGGTAGCGGCGGTGAACAACAGTGTTTCCAGACTACCGGTGCTCAAAGTAAATACCGTCTTGGCAACGAATGTGAAACTTATGCTGAATTAAAATTGGGTCAGGAAGTGTGGGAAGAGGGCGATAAGAGCTTCTATTTCGACACTAACGTGGCCTATTCCGTCGCACAACAGAATGACTggg > 2:1182429/1‑239 (MQ=255)tGCTCAGGCAATGGCTGTTGATTTCCACGGCTATGCACGTTCCGGTATTGGTTGGACAGGTAGCGGCGGTGAACAACAGTGTTTCCAGACTACCGGTGCTCAAAGTAAATACCGTCTTGGCAACGAATGTGAAACTTATGCTGAATTAAAATTGGGTCAGGAAGTGTGGAAAGAGGGCGATAAGAGCTTCTATTTCGACACTAACGTGGCCTATTCCGTCGCACAACAGAATGACTggg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |