| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 434,884 | G→A | 3.0% | G80S (GGT→AGT) | ribE → | riboflavin synthase beta chain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 434,884 | 0 | G | A | 3.0% | 451.2 / 3.6 | 133 | G80S (GGT→AGT) | ribE | riboflavin synthase beta chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/56); new base A (2/2); total (75/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATGAACATTATTGAAGCTAACGTTGCTACCCCGGACGCTCGCGTCGCCATCACCATCGCGCGTTTCAACAACTTTATCAATGACAGCCTGCTGGAAGGTGCAATTGACGCACTGAAACGTATCGGTCAGGTAAAAGATGAAAACATTACCGTTGTTTGGGTGCCTGGTGCCTATGAGCTGCCGCTGGCGGCGGGTGCACTGGCTAAAACCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGTACGGTTATTCGTGGTGGCACTGCCCACTTTGAATATGTCGCTGGTGGTGCAAGCAACGGCCTGGCGCATGTTGCCCAGGACAGCGAAATTCCGGTTGCTTTTGGGGTTCTGACCACTGAAAGCATTGAACAAGCGATCGAACGTGCTGGCACCAAAGCTGGCAACAAAGGTGCAGAAGCTGCACTGACCGCGCTTGAAATGATTAATGTATTGAAAGCCATCAAGGCCTGAAATT > NC_000913/434647‑435121 | aTGAACATTATTGAAGCTAACGTTGCTACCCCGGACGCTCGCGTCGCCATCACCATCGCGCGTTTCAACAACTTTATCAATGACAGCCTGCTGGAAGGTGCAATTGACGCACTGAAACGTATCGGTCAGGTAAAAGATGAAAACATTACCGTTGTTTGGGTGCCTGGTGCCTATGAGCTGCCGCTGGCGGCGGGTGCACTGGC‑AAAACCGGTAAATACGACGCGGTGATTGCGCTGGGt < 2:693195/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |