| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,166,194 | C→A | 4.2% | T37K (ACG→AAG) | ndh → | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,166,194 | 0 | C | A | 4.2% | 280.5 / 2.9 | 83 | T37K (ACG→AAG) | ndh | respiratory NADH dehydrogenase 2/cupric reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/32); new base A (2/2); total (49/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
ATTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGAACGTAAAATCGCCTATGA > NC_000913/1165970‑1166431 | aTTCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAACTGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTa > 2:585177/1‑239 (MQ=255) ttCATGTTATTCTCAATAGCGAAGAACATTTTCATTGCTGTAACCTGTTGTTAATTAAGAGCTATGTTAATAACCATTAATTAACAATTGGTTAATAAATTTAAGGGGGTCACGTTGACTACGCCATTGAAAAAGATTGTGATTGTCGGCGGCGGTGCTGGTGGGCTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTa > 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cTGGAAATGGCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAACCACTATTGc > 2:950523/1‑239 (MQ=255) ggCAACACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAAGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTgc > 2:220682/1‑239 (MQ=255) aaCACAGCTGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTgcgc < 1:46633/238‑1 (MQ=255) tGGGGCATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGcgacga < 1:450433/235‑1 (MQ=255) cATAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTg < 1:420905/238‑1 (MQ=255) tAAGCTGGGACGCAAGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGa > 1:1117350/1‑237 (MQ=255) 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aaGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGa > 1:1049186/1‑239 (MQ=255) aGAAAAAAGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGa > 2:1206763/1‑238 (MQ=255) aGCCAAAATTACGCTGGTCGATCGTAACCACAGCCACCTGTGGAAACCGCTGCTGCACGAAGTGGCGACTGGCTCGCTTGATGAAGGCGTCGATGCGTTGAGCTATCTGGCCCATGCGCGCAATCATGGTTTCCAGTTCCAGCTGGGTTCCGTCATTGATATTGATCGTGAAGCGAAAACAATCACTATTGCAGAACTGCGCGACGAGAAAGGTGAACTGCTGGTTCCGGAACGTaaaa < 2:689138/239‑1 (MQ=255) 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NC_000913/1165970‑1166431 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |