| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,873 | C→T | 10.6% | intergenic (+482/+233) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,873 | 0 | C | T | 10.6% | 102.7 / 6.4 | 47 | intergenic (+482/+233) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/28); new base T (3/2); total (17/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.23e-01 | |||||||||||
CCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTA > NC_000913/2304639‑2305108 | ccGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGAt < 2:1125731/239‑1 (MQ=255) 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cGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATg < 2:939994/239‑1 (MQ=33) gtcgcgTCTTAGCAGGCCGACCCCGCTGCGAAGGGCGCCGCCCCGTAGGTCGGAGAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTAt < 1:653329/236‑1 (MQ=11) ggCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGGCA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCCCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGGTGGGTAACGCGGGTACAACGCCCCCACCATCTCACCCCCCGGCCGgctggctgtaggggacgtggggcggattat > 1:78579/1‑216 (MQ=11) 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cGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATAc < 2:214295/239‑1 (MQ=255) cTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCAACCAAAATCTAACGCCCGAGCCCGGTTCCTGATGCGACGCTTGGGGGTCTTTTCAGCATACGCCACATCCGGccaac > 2:46902/1‑233 (MQ=14) tgtgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAAG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCCGGCCTACACCCCTGTGAAGTGCCCCACCCCGTTGGGTGGGTAAGGCGGGTTCCCCGCAACCCAAATCTAACGCCCCAGCCGGGTGCCCCATGGGACGCGGGGGCGGCTTCTCCACATACGcacccaccagcacacca > 1:698883/1‑222 (MQ=11) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGc < 2:698838/220‑1 (MQ=9) tgAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATg > 2:1039857/1‑238 (MQ=255) tGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCCACATCTAAAGCCCGAGCCGGTTGCCTGATTCGGCGCTGGCGCGTCTTATCACCCAACCCCCCAACCCGCCTACCCTGCCGGAt > 2:224710/1‑239 (MQ=11) 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tCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCAGCGGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCGGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTa < 2:886922/237‑1 (MQ=255) | CCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTA > NC_000913/2304639‑2305108 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |