| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,304,912 | A→G | 10.7% | intergenic (+521/+194) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,912 | 0 | A | G | 10.7% | 99.3 / 4.8 | 44 | intergenic (+521/+194) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (16/23); new base G (3/2); total (19/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.62e-01 | |||||||||||
AACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTT > NC_000913/2304679‑2305149 | aaCGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCCGCA‑CCAACA‑TCTAACCCCCAAGccc > 2:229959/1‑238 (MQ=11) 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aGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACg < 2:539959/234‑1 (MQ=9) gCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTgg < 2:313333/213‑1 (MQ=34) cTACTCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCg < 2:663549/239‑1 (MQ=255) 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cACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCCCCTCCCACATCCAACCCCCGAGCCGGGTGCCCGATGCGACCCCGGCGCGTCCTATTAACACACGCCCCAACCGGCaccggcttttatacacct > 1:698838/1‑221 (MQ=1) cACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACC‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTgg < 2:252827/238‑1 (MQ=255) cGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACG‑CCGCATCCGACA‑TCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCCCCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACCCCCGGGCCGGTTGCCTGATGGCACGCTTGCGCGTCTTCTCCGCTTACCCCCCCTCCGGCCTACCATCCCCGATGGGGGGTa > 1:748481/1‑237 (MQ=11) tAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCCTCCAACCTCTCACGCCCCAGCCCGTTTCCCGATGCGCCGCCTGCGCGCCGTTTCCGCATCCCCCCCATCCTGCCAACCATGcccggacgggcgcattct > 1:330017/1‑223 (MQ=11) tAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAACCGGTTGCCTGATGCGACGCCGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCCCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGGTACCCCACCTCCAACATCTAACCCCCCCGCCCGTTGGCTGGTGCGCCGCGGGGCCGTCTTCTCCGCCAACCCCACAACCCGGATaaccaccgcggtgtgtcgtatt > 1:648472/1‑216 (MQ=2) tCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCAGCGGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCGGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTa < 2:886922/237‑1 (MQ=255) g‑ccgcATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCAct < 2:806858/239‑1 (MQ=255) cATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTAAGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCCGTTGCCTGATGCGAAGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCActtctt > 2:638370/1‑239 (MQ=255) tCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCtttt > 2:761744/1‑239 (MQ=255) cAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGGGGCGTATCCTTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCgggt > 2:666590/1‑237 (MQ=255) | AACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACG‑CCGCATCCGACA‑TCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCAACATCTAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGCATACGCCACATCCGGCATACCATGCCGGATGTGGCGTATCATTACAACGCAATATCCGCCACTTCTTTTTGAACGGGTTGCGGTT > NC_000913/2304679‑2305149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |