| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,608,229 | A→G | 14.7% | M439V (ATG→GTG) | hyfF → | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,608,229 | 0 | A | G | 14.7% | 144.4 / 2.0 | 79 | M439V (ATG→GTG) | hyfF | hydrogenase 4, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/32); new base G (9/4); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGG‑CCG‑TTAACCGGGGTG‑ATCTCGGCTGGTTGACCACC‑TCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGC‑GCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCAT > NC_000913/2607999‑2608466 | tGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTgcg < 2:104193/239‑1 (MQ=255)tGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTgcg < 2:1205680/239‑1 (MQ=255)tGCTAAAGCACGGCGCGCGCGATCTCCACGTGGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCCTTGGCCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTgcg < 1:656549/239‑1 (MQ=255) cTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTgcggg > 2:714331/1‑237 (MQ=255) tCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTGCGCgg < 2:328249/239‑1 (MQ=255) cAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTGCGCggg < 2:928399/239‑1 (MQ=255) gCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCCCGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGGCTGGTGC‑GGGTGGGCGCGGGGGGGTTTATg > 1:467738/1‑239 (MQ=255) 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gtcTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCCGCTTCTCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCGCCGCAC‑AGACGGCCGCGCGGGTGGTagtcggggagacgccgccgagcgg > 1:208262/1‑216 (MQ=255) tcTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGGTGGCTGCGCGGGGGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGG‑CCG‑tt > 2:398736/1‑239 (MQ=255) tGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGGCCGGTAC‑GGGTGGCTGCGGCGGGGTTGATGGC‑GAAACCGCCGCCGG‑GCG‑TCACACGGGGt > 2:257889/1‑239 (MQ=255) 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gctGCCATTTCGCGCCCGTGGTGTTGGGGGGCGG‑GGGCTGGCGCCTGACGGGGAT‑CCCCCCCTGAAAATTTTTCCTAGGATATTTGATGCCCTTTACCGCCGGCCTGGCAGGTAACCCCCGGCGGATTACCGTCCTGCTGTTTTTGCGGTTATCGCGGGTGCTGGGGGGCCTGTTAG‑GGAGGGCTGCGCGGGTGTTAAGGGC‑GAAACCGCCGCAGG‑CCG‑TTAACCGGGGTG‑ATCTCGGc < 1:66894/237‑1 (MQ=255) tGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGGCTGGGAC‑GGATGGCTGGGCGGGGGGTTATGGC‑GGAACCCCCGCAGG‑CCG‑TTTACCGGGGGGAATCTCgctgg > 1:1208061/1‑235 (MQ=255) tGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCCGGTAA‑GGGTGGCTGCGCGGGGGTTTATGGCGGAACCCGCGCCGGG‑CGG‑TTAACCgggcggtgctcgccgg > 1:395561/1‑226 (MQ=255) gCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGATCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTGCGCGGGGGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGG‑CCG‑TTAACCGGGGGG‑ATCTCGGCTGGt > 2:436020/1‑239 (MQ=255) tttACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCCGG‑CCG‑TTAACCGGGGTG‑ATCTCGGCTGGTTgg > 2:626860/1‑237 (MQ=255) ttcaCCG‑CCGTGCTGTGTGGGGGCGGTGCGCTGGGG‑CGGGCAGGTAGGCCCCCCTTCACCATTTTTCTTAGGGAATTT‑ATGCCCTTTCCCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTAGCGTCCTGCTGTTTTTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGAGGGCTGCTGGGGTGTTAAGGGC‑GAAACCGCCGCAGG‑CCG‑TTAACCGGGGTG‑ATCTCGGCTGGTTGac < 1:626860/236‑1 (MQ=255) 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gccgGACTGGCTCGTAATCACCTGCTAGTTATCGTCGTGCTTTTATTGCTGTTAGCGCTGGGGCTGGCGGGCCTGGTCG‑GGATGGCTGCGCGGTTGTTAATGGC‑GAAGCCGCCGCAGG‑CCG‑TTAACCGGGGTG‑ATCTCGGCTGGTTGACCACC‑TCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGC‑GCTTc < 2:8815/239‑1 (MQ=255) cggactgcacctcatcctccTGCTGTTTTTCGTCTTGTTGTTATGGTTGTTAACGCGGGTGCTGGCGGGCCTGGTAG‑GGATGGCGGCGCGGGTTTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGG‑CCG‑TTAACCGGGGTG‑ATCTCGGCTGGTTGACCACC‑TCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGC‑GCTTCCa < 1:351440/221‑1 (MQ=255) cgacgtggacagTAATCACTGGTTGATTTTCTGTCTGGTTTTATTGCTTTTAGCTCGGGTTCTGGCGCCCCTGGTCC‑GGGTGGCTGCGCGGGTGTTAATGGG‑GAACCCGCCGCAGG‑CCG‑TTAACCGGGGTG‑ATCTCGGCTGGTTGACCACC‑TCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGC‑GCTTCCa < 1:70663/228‑1 (MQ=255) 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TGCTCAAGTACGGCACGCGCGATCTCAACGTCGTCTGTGGGATGCTCAAAATCATGCCATTTACCG‑CCGTGCTGTTTGGCGGCGGTGCGCTGGCG‑CTGGCAGGGATGCCGCCCTTCAACATTTTTCTTAGCGAATTT‑ATGACCATTACCGCCGGACTGGCACGTAATCACCTGCTGATTATCGTCCTGCTGTTATTGCTGTTAACGCTGGTGCTGGCGGGCCTGGTAC‑GGATGGCTGCGCGGGTGTTAATGGC‑GAAACCGCCGCAGG‑CCG‑TTAACCGGGGTG‑ATCTCGGCTGGTTGACCACC‑TCGCCAATGGTGATTCTGCTGGTCATGATGCTGGCGATGGGAACGCATATTCCACAACCTGTCATCAGGATCCTGGCGGGC‑GCTTCCACTATAGTCCTCTCAGGGACGCACGATCTGCCTGCACAACGTAGCACCTGGCATGATTTTTTGCCTTCAGGCACCGCAT > NC_000913/2607999‑2608466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |