Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,162,525 | G→T | 5.1% | Q249K (CAA→AAA) | trmA ← | tRNA m(5)U54 methyltransferase, SAM‑dependent, tmRNA m(5)U341 methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,162,525 | 0 | G | T | 5.1% | 475.4 / 3.8 | 141 | Q249K (CAA→AAA) | trmA | tRNA m(5)U54 methyltransferase, SAM‑dependent, tmRNA m(5)U341 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/73); new base T (5/4); total (64/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
TCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTG‑CCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGACCGGCAGAC > NC_000913/4162290‑4162758 | tCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTTTG‑CCGCCATACGAATAATTTTTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCGATGTTGTATTGcg < 2:1220132‑M2/238‑3 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |