New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 166404 = | 76 (1.300) | 6 (0.110) | 4/502 | NT | 8.3% | coding (1675/2535 nt) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
? | NC_000913 | 166643 = | 59 (1.040) | coding (1914/2535 nt) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
AGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATGGCGCTGGGGCTGCCTGCGGTTACGGAGACCTGGATTAAACTGGGCGTACCGAAAGATCAGTTGCATCCGGTTCCGGCAATGCTGCTGGGGGCGTTGAACTTAACGCCAATCGAAGTGGCGCAGGCATTCCAGACCATCGCCAGCGGTGGTAACCGTGCACCGCTTTCTGCGCTGCGTTCGGTAATCGCGGAAGATGGCAAAGTG > NC_000913/166120‑166679 | gtttggtcggctggttgttatcacggccgacccaggtgatggtcaccgtgctgccgtcaatgcccgcaaaccaggtatctacgttattgttggtagtccctgttttccctgccagatgcaggttcgggtatttcgccccaagctgacgacccgtaccgcgttgtaccacctgctgcatggtccatagtgtcagatacgccgcctgcgccggaacagcgcgttccgcctgcgggaagctctgatacagcactttgccatcttccgcgattaccgaacgcagcgcaGaaa < 1:263181‑M1/4‑1 (MQ=255) aGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGaaa > 2:220571/1‑288 (MQ=255) gCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGc > 2:218916/1‑289 (MQ=255) gTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAg < 2:527395/286‑1 (MQ=255) gTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCgg < 2:315093/289‑1 (MQ=255) gTAAGTGGAGCGATCTTGAAACTGGGATGGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGGCGGAGGTTCTGGGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAGGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCgg < 2:453195/289‑1 (MQ=255) tAAGTTGAGCGATCTTGAACCTGCGGTTGTGGTCGTCGACCGCGTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCgg < 1:348168/288‑1 (MQ=255) gtcggctggttgttatcacggccgacccaggtgatggtcaccgtgctgccgtcaacgcccgcaaaccaggtatctacgttattgttggtagtccctgttttccctgccagatgcaggttcgggtatttcgccccaagctgacgacccgtaccgcgttgtaccacctgctgcatggtccatagtgtcagatacgccgcctgcgccggaacagcgcgttccgcctgcgggaagctctgatacagccctttgccatcttccgcgattaccgaacgcagcccaAAAAgcgtt < 1:286891‑M1/9‑3 (MQ=255) tcggctggttgttatcacggccgacccaggtgatggtcaccgtgctgccgtcaatgcccgcaaaccaggtatctacgttattgttggtagtccctgttttccctgccagatgcaggttcgggtatttcgccccaagctgacgacccgtaccgcgttgtaccacctgctgcatggtccatagtgtcagatacgccgcctgcgccggaacagcgcgttccgcctgcgggaagctctgatacagcactttgccatcttccgcgattaccgaacgccgcgcaGAACgcgggt < 1:283221‑M1/10‑3 (MQ=255) gTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATCGCGAAAGCGGCaga > 2:222568/1‑289 (MQ=255) 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gtcaccgtgctgccgtcaatgcccgcaaaccaggtatctacgttattgttggtagtccctgttttccctgccagatgcaggttcgggtatttcgccccaagctgacgacccgtaccgcgttgtaccacctgctgcatggtacatagtgtcagatacgccgcccgcgccggaacagcgcgtcccgcctgcgggaagctctgatacagcactttgccatcttccgcgattaccgaacccagcccaGCAAGTGGCAGGGTGGAGCTGGTGGATGCGATGACCCGTTCgatca < 1:518070‑M1/46‑3 (MQ=255) gCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGt > 2:328263/1‑289 (MQ=255) ttAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCGTTCGATTGGTTCCCTTGCAAAACCAGCGACTTATCTGACGGCCTTAAGCCAGCCGAAAATCTATCGTCTGAATACGTGGATTGCGGATGCGCCAATTGCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc < 1:328263/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |