| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,246,287 | G→A | 5.1% | N44N (AAC→AAT) | malE ← | maltose transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,246,287 | 0 | G | A | 5.1% | 249.6 / 4.1 | 78 | N44N (AAC→AAT) | malE | maltose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (38/36); new base A (2/2); total (40/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
TAACGCTTCAACAGCGATCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATAATGCGAGGATGCGTGCACCTGTTTTTATTTTCATAATCTATGGTCCTTGTTGGTGAAGTGCTCGTGAAAACACCTAAACGGACTCTAGTTTCTTTATACGGCAACCTCTTTCCATCCTCCTTGCCCCTACGCCCCACCGTCGCTTTGTGTGATCTCTGTTACAGAATTGGCGGTA > NC_000913/4246002‑4246559 | tAACGCTTCAACAGCGATCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCAGGGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGtt < 2:11441/289‑1 (MQ=255)tAACGCGTAAACAGCGTTGGGGTAAGTAAACAGCTTGCGTTTGTAACGTACGGCGTCCCAGGTAATCGGATACGGCTCGTCCTGGAACGCTTGGTCGGGGGGGATTGCGGCCAACAGGCCAGATCGAGCGTGGCCACCGAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGAGTATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTGCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGGATTTCTTACCGAGTTCAGCGAGACCGTta < 1:60408/289‑1 (MQ=255) tCAACAGCGATCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCtt > 2:52512/1‑289 (MQ=255) gATCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATc < 1:346745/285‑1 (MQ=255) aTCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGTATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACTGGCCAGATTGATCGTAGCCACCAACGCGGTCGTGTGCCCAGTAGATACTGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCCACGTGTGCGAATTTCTCTTCCCGTTTATCCTGATGCTAACCGGTTACTTTAATTCCGGTCTCTTTCCCGACTTTCTTACCGACTTCCGTGAGACCGTTATAGCCTTTATCGccta > 1:480721/1‑287 (MQ=255) aTCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGt > 1:258495/1‑289 (MQ=255) tCGGGTAAGCAATCAGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGt < 2:529942/288‑1 (MQ=255) 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aGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCa > 2:66645/1‑289 (MQ=255) aGCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTCTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCa > 2:386930/1‑289 (MQ=255) gCTTGCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAg > 2:365456/1‑289 (MQ=255) gCCGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGttt > 1:239757/1‑288 (MQ=255) ccGTTGTAACGTACGGCATCCCAGGTAAACGGATACAGCTTGTCCTGGAACGCTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTa > 2:432545/1‑288 (MQ=255) tacggtgtgcctgatagagggATACAGCGTATACTGGAATGAGTTTTGCAGGGTGATTTCGGCCAACAGGCCTGATTTGTCGTAGCCACCAAGGCGGTGGTGTGCCCGGAAGTTAATGTCA‑GGGCCATCGCCATTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTAACTTTAATTCCGGGATCTTTCTCGAATTTCTTACCAACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTTCCAGTTTACCTTCTTCGAtt < 1:504578/270‑1 (MQ=255) 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cTTTGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGc > 2:69413/1‑289 (MQ=255) ttGTCCGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCgg > 2:253/1‑289 (MQ=255) ccGGGGTGATTTCAGCCAACAGGCCAGATTGAGCGTAGCCACCAAAGCGGTCGTGTGCCCAGAAGATAATGTCA‑GGGCCATCGCCAGTTGCCGCAACCTGTGGGAATTTCTCTTCCAGTTTATCCGGATGCTCAACGGTGACTTTAATTCCGGTATCTTTCTCGAATTTCTTACCGACTTCAGCGAGACCGTTATAGCCTTTATCGCCGTTAATCCAGATTACCAGTTTACCTTCTTCGATTTTGGCGAGAGCCGAGGCGGAAAACATCATCGTCGTTAATGCGGATa < 2:239757/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |