| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,139 | G→A | 4.9% | pseudogene (141/921 nt) | yjiP → | pseudogene, transposase_31 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,139 | 0 | G | A | 4.9% | 273.8 / 3.9 | 81 | pseudogene (141/921 nt) | yjiP | pseudogene, transposase_31 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/35); new base A (2/2); total (44/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 | |||||||||||
AGCTTGTTTCCGGAAAAATGTATCGTTTGCAGAAGAATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACAGGTGATGGATCGCCATGACAAACTTCACGACCAGCACGCCGCATGATGCATTATTTAAAACCTTTCTCACGCACCCTGACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGAT‑AGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTT‑ACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGAC > NC_000913/4568856‑4569427 | aGCTTGTTTCCGGAAAAATGTATCGTTTGCAGAAGAATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACAGGTGATGGAACGCCATGACAAACTTCACGACCAGCACGCCGCATGATGCATTATTTAAAACCTTTCTCACGCATCCTGACAGTGCGCGGGATTTTTTGGAGATTCACTTACCTAAAGACTTACGTGAACTGTGCGATCTCGAT‑AGCTTAAAACTGGAAt > 2:106795/1‑288 (MQ=255) tCCGGAAAAATGTATCGTTTGCAGAAGAATAAAAATAGCCTGGACAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACAGGTGATGGATCGCCATGACAAACTTCACGACCAGCACGCCGCATGATGCATTATTTAAAACCTTTCTCACGCACCCTGACACTGCGCGGCATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGAT‑AGCTTAACACTACAATCCGCCAGCt > 2:660626/1‑289 (MQ=255) agaagaATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACAGGTGATGGATCGCCATGACAAACTTCACGACCAGCACGCCGCATGATGCATTATTTAAAACCTTTCTCACGCACCCTGACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGAT‑AGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCggg < 1:93845/288‑1 (MQ=255) agaagaATAAAAATAGCCTGGAAAGCGCCTCGGGGAATGGGAAATTGCCGGGTGAGAATGGTTTTGTTAGTCGCTAAAGTCAGGCCATCTTTTTCAACAGGTGATGGATCGCCATGACAAACTTCACGACCAGCACGCCGCATGATGCATTATTTAAAACCTTTCTCACGCACCCTGACACTGCGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGAT‑AGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCggg < 2:788018/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |