| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,186,085 | C→A | P246Q (CCG→CAG) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,186,085 | 0 | C | A | 95.3% | 122.1 / NA | 44 | P246Q (CCG→CAG) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (23/18); total (24/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAAGAGCTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCCGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTA > NC_000913/4185954‑4186224 | tGAAGAGCTGATCGAAACCATCGCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGc < 2:106174/143‑1 (MQ=255) gCTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGc > 1:687313/1‑143 (MQ=255) cTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCCGCCAGATCGGCGTCCGCt > 1:86467/1‑143 (MQ=255) atcGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAACAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTGCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGt < 1:760446/141‑1 (MQ=255) aCCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCt > 2:775069/1‑143 (MQ=255) aaCTCCGAAACCAAGCGTAATAAGCTGACCAAGCGTATCAAACGGCTGGAAGCGTTCGTTCATTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGa < 1:392764/143‑1 (MQ=255) tCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGGCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtgg > 1:293313/1‑143 (MQ=255) ccGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTCCTGCCGGTCCTGCAGCCACATCTGCCCCCGCCGGTTCCGCTGGAtggt > 2:511217/1‑143 (MQ=255) cggacccAAGAGTAAAAAGCGGACCAAGCGGATCAAGCTGCTAGCGGCGTGCTGTCAGTCTGGTACCCAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtg < 1:739990/138‑1 (MQ=255) caaaaCCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGGAGAAAACGGCTGGAAGCGTCCGTTCAGTCGGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCCGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggtg < 1:66603/141‑1 (MQ=255) aaCCACTCGTAGACAGCTGACCAGGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTc < 2:780828/143‑1 (MQ=255) aCCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGGGGTCg > 2:249457/1‑143 (MQ=255) ccAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATATGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCgg > 1:761467/1‑142 (MQ=255) gTAAGAGGCGGACGAAGCGTATCAAACTGCTGTAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAGACCAGAGTGGATGGTCCTGACCGTTCTGCCGGTACTTCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTcgcg < 2:77791/143‑1 (MQ=255) tAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGa < 1:128052/143‑1 (MQ=255) aaaGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACtt < 1:91294/143‑1 (MQ=255) cTGACCAAGCGTATCAAACTGCGGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGa < 1:96179/143‑1 (MQ=255) aaGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGGCCTGaa > 2:264063/1‑143 (MQ=255) aGCGTATCAAACTGCTTGAAGCGTTCGTTCCGGCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAAc < 2:600974/143‑1 (MQ=255) tATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGCTc > 1:730649/1‑143 (MQ=255) tATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATc > 1:372495/1‑143 (MQ=255) aTCAAACTGCTTGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGGTGATCATGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCt < 2:238197/143‑1 (MQ=255) aTCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCt < 1:775069/143‑1 (MQ=255) aaCTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTAt < 1:550342/143‑1 (MQ=255) aCTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGtctc > 1:673433/1‑143 (MQ=255) cgtttATTCTCGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCTCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTTAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAAcc < 2:668632/143‑1 (MQ=255) ttcAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGATTCCGCCGGACCGAGGCCGATTCGCGACTTCTGACCTGGACGATCTATATCGTCGCGTCAGTCACCGt > 2:344855/1‑143 (MQ=255) tCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCGGCGTCCGCCGCTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGGACGATCTGTATCGTCGCGTCATCAACCGTaccac > 2:680383/1‑142 (MQ=255) cTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCCGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTaacaac < 2:223481/143‑1 (MQ=255) cacgccAGGGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTGCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGa < 2:137016/139‑1 (MQ=255) aagcccgagTGGATGATCCTGACCGGTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGaa < 2:595515/137‑1 (MQ=255) agagTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTc > 1:629945/1‑143 (MQ=255) cgaatggtCCTGACCGCTGTTGCGGCACGGCCGCACGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTGTCTCGACTTCTGACGTGAACGGTCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTctgct < 2:354641/140‑1 (MQ=255) gatgatCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTgg > 2:398481/1‑143 (MQ=255) tgatCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGCCTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTACCCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGAt > 2:395461/1‑143 (MQ=255) gatCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCGTTAACCGTGAAAACCGTCTGAAACGTTTGCTGGATc > 2:487144/1‑143 (MQ=255) tCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTg > 1:304157/1‑143 (MQ=255) cggCCGGTACTGCGTGCAGCTCTGCGTGCGCCGGTTGCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGa < 2:358766/141‑1 (MQ=255) cTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGa > 2:206212/1‑143 (MQ=255) gCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTCTCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCGGAAACGTCTGCTGGGTCTGGCTGCGCCGGGca > 1:395868/1‑143 (MQ=255) ccGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTACCAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCgtctat > 1:400697/1‑138 (MQ=255) cGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGAcatc > 1:590522/1‑143 (MQ=255) tGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCCCCGGACATCCTcgtc > 1:41140/1‑142 (MQ=255) tGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGGCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGGTCTGACTGCGCCgggcgacagcggc > 1:41025/1‑132 (MQ=255) | TGAAGAGCTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCCGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATCGTA > NC_000913/4185954‑4186224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |