New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1937136 = | 4 (0.070) | 60 (1.090) | 45/284 | 0.2 | 93.8% | coding (485/870 nt) | yebK | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
? | NC_000913 | = 2070271 | NA (NA) | intergenic (‑91/‑6) | insC1/yoeA | IS2 repressor TnpA/CP4‑44 prophage, putative disrupted hemin or colicin receptor,Phage or Prophage Related, interrupted by IS2 and C‑terminal deletion |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCA > NC_000913/1936994‑1937276 | ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttattaaagtgatattggttgtatggagattcagggggccagtctaa < 1:63982‑M1/1‑1 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtacaaaaacgagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa > 2:530223‑M1/143‑143 (MQ=255) agcTGCCAGCAACCGCGCCGTCGACGTGCTCACTCAGGCAAAAAAAAGCGCCTTTTTCGGATTAGGCTGTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGata < 1:247434/141‑1 (MQ=255) tCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGTCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGatat < 2:283109/143‑1 (MQ=255) ccAGCAACCGGGCCGTCGACTTGCCCACTCAGGAAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtgg > 2:154750‑M2/1‑140 (MQ=255) gtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatctaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctcATATCGttctg < 1:24865‑M1/11‑1 (MQ=255) gccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAAc > 2:515813‑M1/129‑143 (MQ=255) ccGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGAGTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcc < 2:457198‑M2/143‑11 (MQ=255) gcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAg > 2:77367‑M1/122‑143 (MQ=255) gcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggacagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAg < 2:849169‑M1/22‑1 (MQ=255) gACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttc < 2:654654‑M2/143‑21 (MQ=255) gACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGACGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGGTGATATCtggatttgcccctatatttc < 2:220965‑M2/143‑21 (MQ=255) cTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttcca < 2:23836‑M2/143‑23 (MQ=255) cTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttcca > 1:612577‑M2/1‑121 (MQ=255) gCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagac < 1:294835‑M2/143‑26 (MQ=255) cggcgctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGaa > 1:413580‑M1/113‑143 (MQ=255) actcaGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatct < 2:508523‑M2/143‑30 (MQ=255) ctcaGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctg > 2:269354‑M2/1‑113 (MQ=255) cctaatacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGt > 1:503875‑M1/109‑143 (MQ=255) taagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAg > 2:464311‑M1/107‑143 (MQ=255) caGGCAAAAAAACTCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 1:438317‑M2/1‑111 (MQ=255) caGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgtt > 2:591527‑M2/1‑111 (MQ=255) ggtaaatgacatcgccctttcCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGAGGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctggtat > 2:453778‑M2/11‑109 (MQ=255) cAAAAAACACCGCCTTTGTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:449211‑M2/1‑107 (MQ=255) aaaaagaaGCGGCGTTGTCGGGTTGGGGTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGCTGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTAGTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac > 2:853010‑M2/1‑106 (MQ=255) aaaaaaaaTCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGAGGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTGCTCCGATGGTATCtggatttgcgcctgtagttgcggacgtcagttatccc < 1:322301‑M2/143‑38 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACgg < 2:278683‑M1/43‑1 (MQ=255) atcaatcatcggttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACgg > 2:81881‑M1/101‑143 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGAc > 2:399156‑M1/97‑143 (MQ=255) atcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGAc < 2:23403‑M1/47‑1 (MQ=255) gCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTACCCACGATGCGATGAAAAAGTTCTTGCGTTTCAATGTTCAGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcccttaacccatt < 2:778395‑M2/143‑48 (MQ=255) tgttctccaatgactagtctaaaagctagtgttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtg > 1:419090‑M1/91‑143 (MQ=255) cTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatgtttccagacatctcttatcacttaactcattac < 2:113027‑M2/143‑50 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtggt > 2:761310‑M1/89‑143 (MQ=255) ttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtggt < 1:289471‑M1/55‑1 (MQ=255) tctccgatgactagtctaaacactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACgtggtggtg > 2:898190‑M1/88‑143 (MQ=255) tggttagtttaaaaactattattaagactatcagttatttcagtgatattggttgtctggagattcaggggggcagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGAttt > 1:595535‑M1/81‑143 (MQ=255) tgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGAttt > 1:435559‑M1/81‑143 (MQ=255) aTTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 2:776242‑M2/1‑85 (MQ=255) aTTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 2:683574‑M2/1‑85 (MQ=255) actagtctaaaggctagtattaagactatcacttagttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATCTCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTtct > 1:548386‑M1/79‑143 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTca < 2:415176‑M1/67‑1 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGAAGACGAAGTGATGCTGAtttctaa < 1:229735‑M1/67‑3 (MQ=255) tagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatactggttgtctgtagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTca > 2:596979‑M1/77‑143 (MQ=255) 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ttCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcgga < 1:895708‑M2/143‑106 (MQ=255) ttggttgtctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCAc < 2:912097‑M1/111‑1 (MQ=255) gTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcgggtgc < 2:166256‑M2/143‑109 (MQ=255) tctggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAGAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGaaaa > 2:618016‑M1/26‑143 (MQ=255) tggggattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAacg < 2:872105‑M1/120‑1 (MQ=255) tggagattcagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTAGGAATGGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAacg < 2:724838‑M1/120‑1 (MQ=255) gTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccatccgtc < 1:423072‑M2/143‑117 (MQ=255) ttCCCGGGGTGTGCTCCGATGATATCgggatttgcccctagatttccggacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgtta > 2:906510‑M2/1‑26 (MQ=255) ggggtgcggggtgccagtctaATATCGTGCTGCACTCCATGGGTTGTATGAGGTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATGTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAacgac > 1:568823‑M1/22‑143 (MQ=255) cagggggccagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATg < 1:696531‑M1/128‑1 (MQ=255) agggggccagtctaATATCGGGCTGCAAGGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGCATACGCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATgg > 1:240267‑M1/15‑143 (MQ=255) gtgtACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattgcaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcgctatgcggacgccattcgttataatgctc < 1:69442‑M2/143‑126 (MQ=255) tgtACTCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcg > 1:508523‑M2/1‑17 (MQ=255) tCCGATGATATCtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgc < 1:954751‑M2/143‑132 (MQ=255) cagtctaATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGc < 2:519162‑M1/136‑1 (MQ=255) 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AAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTTCAGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCGGTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCA > NC_000913/1936994‑1937276 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |