| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3361047 = | 63 (1.150) | 3 (0.060) | 3/264 | 6.7 | 4.9% | intergenic (+433/‑127) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| ? | NC_000913 | 3361099 = | 58 (1.140) | intergenic (+485/‑75) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTG > NC_000913/3360957‑3361240 | cAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTCTTTAc > 1:950161/1‑143 (MQ=255) gcAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTc < 2:747470/143‑1 (MQ=255) aaaCATTCATGTAATTAATAATTATCACCACAACCCACCCCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcac < 1:764258/143‑1 (MQ=255) aaaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcac < 2:822684/143‑1 (MQ=255) aaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGCAGGAGTTATTTATTTACATTcaca < 1:342366/143‑1 (MQ=255) aaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcaca < 1:133744/143‑1 (MQ=255) cATTCATGTAATTAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACaaa < 2:125795/143‑1 (MQ=255) gtCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACa < 2:350666/142‑1 (MQ=255) cATGTAATCAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGa < 2:471066/143‑1 (MQ=255) aTGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGat > 1:642580/1‑143 (MQ=255) aTGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGat > 1:121825/1‑143 (MQ=255) ggaaTGAATCATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTAGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 1:659823/141‑1 (MQ=255) gTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 2:11829/143‑1 (MQ=255) gTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 1:563842/143‑1 (MQ=255) tAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTACATAAATACATCCCAGCTAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGttata > 2:546601/1‑143 (MQ=255) tAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatata < 2:780482/143‑1 (MQ=255) aaTGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatatat > 1:243187/1‑143 (MQ=255) aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATCCATGCATACGAATTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATAc > 2:441559/1‑143 (MQ=255) aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATAc > 1:902359/1‑143 (MQ=255) ataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACt < 2:243187/143‑1 (MQ=255) ttATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTACATATATAAAACCCAGCAAGTTGATATTTTCGTAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATTCTGAtt > 1:424369/1‑143 (MQ=255) cacaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttt > 2:281947/1‑143 (MQ=255) cacaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttt > 1:110329/1‑143 (MQ=255) acaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtttt < 2:902359/143‑1 (MQ=255) aaaCCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTtttta < 2:8433/143‑1 (MQ=255) accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACCGATATATCTACTGCTTCAGCTttttatt > 1:184269/1‑143 (MQ=255) accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt > 2:420908/1‑143 (MQ=255) caccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttt > 2:419760/1‑143 (MQ=255) accTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttta > 1:708695/1‑143 (MQ=255) ccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATACCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaa > 1:893351/1‑143 (MQ=255) cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataaat < 1:357720/143‑1 (MQ=255) ccTTATTATTCACATGTTCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGGTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAttt < 1:19141/143‑1 (MQ=255) ttattaTTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGt > 1:54571/1‑143 (MQ=255) tattatTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGtt > 2:812866/1‑143 (MQ=255) tCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTCTTTATTGACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTTTTATTAAg > 1:774398/1‑143 (MQ=255) cacaTGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAgg < 1:745750/143‑1 (MQ=255) caTGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCGAGTTGGATATTTCTGAACGAGTTCTTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTCCTTCAGCTTTTTATTTTAACAACTAAATTTGttcttattgat > 1:283550/1‑138 (MQ=255) gATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATg > 2:119761/1‑143 (MQ=255) gATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATg < 2:128804/143‑1 (MQ=255) ataTTCATTAAAGAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGttttt < 1:795455/141‑1 (MQ=255) tCATTAAATAAATACATCACAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCaaa < 1:748778/143‑1 (MQ=255) tCAGTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTTGCTATTTCTTAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCaaa < 1:733618/143‑1 (MQ=255) cATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCaaaa < 2:592077/143‑1 (MQ=255) ttAAATAAATACACCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAg < 2:416527/143‑1 (MQ=255) aataaataCATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTATTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTGAAAAAGaaa > 1:52844/1‑142 (MQ=255) tCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAg > 2:155132/1‑143 (MQ=255) tCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAg > 2:553150/1‑143 (MQ=255) ccagccagTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACGACAgct < 1:579652/143‑1 (MQ=255) ccAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAGATGTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAgct > 2:308479/1‑143 (MQ=255) ggCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTtgtg < 2:565833/143‑1 (MQ=255) gCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTTAAAAATAAATTTGTTATTAATGCTATTTTCATATGTTTTTCAAAAAGTCCTTCACAACACATGCTATTtgtgt > 1:592714/1‑142 (MQ=255) tATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTGTCAAGTATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTACTCATTGTgcag > 1:333747/1‑143 (MQ=255) tATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTGCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTGCAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTgccg > 1:481041/1‑141 (MQ=255) aTTGCTGAACGAGTTATTTAGTGACATTCACAAACAGATATATACACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTgcagc < 2:184269/143‑1 (MQ=255) tCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACt < 1:511985/143‑1 (MQ=255) tGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTGATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACttg > 1:608582/1‑142 (MQ=255) gAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTc > 2:430152/1‑143 (MQ=255) gcgTTATTTATCTACATTCACAAACACATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGtt < 2:589320/141‑1 (MQ=255) ttatttatTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgca < 2:121825/143‑1 (MQ=255) gttaTATTCACAAACAGATATTTATACTATTGCAGCTTTTTATTTTAAAAAATTAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGTTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCa < 1:546601/142‑1 (MQ=255) aCATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTg < 2:835141/143‑1 (MQ=255) | CAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTG > NC_000913/3360957‑3361240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |