| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,186,085 | C→A | P246Q (CCG→CAG) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,186,085 | 0 | C | A | 97.9% | 135.3 / NA | 47 | P246Q (CCG→CAG) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (21/25); minor base G (0/1); total (21/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTGAAGAGCTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCCGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATC > NC_000913/4185952‑4186221 | cattaaGAGCTGAACGAAAACAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCt < 2:841362/139‑1 (MQ=255) gTGAAGAGCTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGCATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCAAGATCTg > 1:90898/1‑143 (MQ=255) tGAAGAGCTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGc < 1:850607/143‑1 (MQ=255) gcaaaaggtGAACGAAACTAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGc < 2:840891/135‑1 (MQ=255) cTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCt < 2:940575/143‑1 (MQ=255) aaCGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTATGGTAACAAACCAGAGCGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACCGCAGCCAGATCTGCCTACGCTGGt > 1:133632/1‑143 (MQ=255) aCCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCt < 2:151276/143‑1 (MQ=255) cgaCTCCGAAGCCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGGAACAAACCCGAGTACTTTATCCTGTCCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTgg < 2:548651/141‑1 (MQ=255) ccGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAtggt > 2:925564/1‑143 (MQ=255) ccGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGGTCCGCTGGAtggt > 2:173437/1‑143 (MQ=255) gAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAATCGTATCAAACTGCTAGAAGAATTCGTTAAGTCTGGTAACAAACAAGAGTGGATGATCCTGACCGTCCTGCAGGAACTGCAGCCAGATCTCCGTCCCCGCGTTCCTCTGGAtgcggg > 1:67028/1‑139 (MQ=255) aaaCCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATggtggt > 2:674206/1‑143 (MQ=255) cGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTcgc < 2:430231/143‑1 (MQ=255) tAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGa < 2:799834/143‑1 (MQ=255) tAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGa > 2:240028/1‑143 (MQ=255) 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2:921867/1‑143 (MQ=255) aaGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCCGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGAGGGTGGTCGTTCCGCGACTTCTGGccatga > 1:88599/1‑139 (MQ=255) tCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGCTGGTGGTCGTTTCGCGAATTCTGACCTGAACGATCTg > 1:750568/1‑143 (MQ=255) cAAACTGCCGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGt < 2:92228/143‑1 (MQ=255) tgGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTcgc < 2:545799/143‑1 (MQ=255) ggAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTcgcg < 1:407192/143‑1 (MQ=255) 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1:541076/140‑1 (MQ=255) gTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGAAACAAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCATTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTACCGGCACGTCATGAAcctgagaa > 1:99017/1‑137 (MQ=255) tCTGGTAACGAGCCTGAGTGGATGAGCCTGACCGTTCTGCGGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTaacaa < 1:300557/143‑1 (MQ=255) gTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGt > 2:826416/1‑143 (MQ=255) aCCGGAGTGGATGATCCGGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAAc < 2:492157/143‑1 (MQ=255) aCCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAAc < 2:722455/143‑1 (MQ=255) 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1:842999/143‑1 (MQ=255) cggCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGa < 2:525575/141‑1 (MQ=255) gCCGGTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCACGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGAGTCATTAACCGTAACAACAGTCTGAAACGTATGCTGTGTCTTAATGAGCCGGAca > 1:727825/1‑143 (MQ=255) ggTACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGCACGCCCTGTATCGTCGCGTCATTCACTGAAAAAATCGTCCGAACCGACTGCTGGCTCTGGCTGCGCCGGAcatca > 1:567280/1‑143 (MQ=255) tACTGCAGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTCTCGCTACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACatcatc < 1:674206/143‑1 (MQ=255) | CGTGAAGAGCTGAACGAAACCAACTCCGAAACCAAGCGTAAAAAGCTGACCAAGCGTATCAAACTGCTGGAAGCGTTCGTTCAGTCTGGTAACAAACCAGAGTGGATGATCCTGACCGTTCTGCCGGTACTGCCGCCAGATCTGCGTCCGCTGGTTCCGCTGGATGGTGGTCGTTTCGCGACTTCTGACCTGAACGATCTGTATCGTCGCGTCATTAACCGTAACAACCGTCTGAAACGTCTGCTGGATCTGGCTGCGCCGGACATCATC > NC_000913/4185952‑4186221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |