| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 628,652 | T→G | 19.1% | G34G (GGT→GGG) | entA → | 2,3‑dihydro‑2,3‑dihydroxybenzoate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 628,652 | 0 | T | G | 19.1% | 132.7 / 4.1 | 63 | G34G (GGT→GGG) | entA | 2,3‑dihydro‑2,3‑dihydroxybenzoate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/37); new base G (11/3); total (23/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTCGGCGGTGCGTTTAAC > NC_000913/628415‑628877 | aCGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGtt < 1:887228/239‑1 (MQ=255) gTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGCCGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGTGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGGTTGGTGAGGCGGGGGGG‑AAAGTTACACGGTTTg > 2:799058/1‑239 (MQ=255) gTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGGGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGGG‑GAACGTACAGGTTTTg > 2:3979/1‑239 (MQ=255) tGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATc > 1:1101102/1‑239 (MQ=255) gATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCAACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGGGGGCAAAGTTAAGGGTTTTggccc > 2:854424/1‑235 (MQ=255) ttCGGTGCTCATTATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGc < 1:473703/239‑1 (MQ=255) cGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGt < 1:771101/239‑1 (MQ=255) 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> 1:799799/1‑237 (MQ=255) cATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAgg < 1:1029147/238‑1 (MQ=255) tGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTc > 2:93074/1‑238 (MQ=255) tGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCgcgc < 2:1101102/239‑1 (MQ=255) 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tACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGGTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGGCGCTGCGCAAGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTTAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGgcagca < 1:390511/239‑1 (MQ=255) tgttgAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGGTTTGGTCCAGCGGTCCCTCAGGGGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGGGGGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGCGCGACTGGACGCCGTGGGCAATGC‑GGCGGGGGTTTTAAGACAGGGGGCGACCGATCCGGCCAGGAAAGAGGGCTGCcaggaggtctttgccggtgcagtcc > 2:346919/1‑220 (MQ=255) aGGCGGGATCG‑AAAGTTACAGGGTTTGATCAAGAGTTTGCTCAGGAGCAATATCGCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCGGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTcggcgg < 2:719174/238‑1 (MQ=255) ggAGCG‑AAAGTTACAGGTTGTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTCGGCGGTGCGt < 2:1157594/238‑1 (MQ=255) g‑AAGGTGACAGGTTTTGAGCGAGCGTTCACGCAGGCGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGGAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATGTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTCGGCGGTGCGTTTAAc < 2:430106/238‑1 (MQ=255) | ACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCG‑AAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATGTTGCCGACGCTGCGCAGGTCGCGCAAGTGTGTCAGCGACTGTTAGCTGAAACGGAGCGACTGGACGCGCTGGTCAATGC‑GGCGGGAATTTTACGCATGGGCGCGACCGATCAGCTCAGTAAAGAGGACTGGCAGCAGACTTTTGCGGTTAACGTCGGCGGTGCGTTTAAC > NC_000913/628415‑628877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |