| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 635,148 | G→T | 11.3% | Q77K (CAA→AAA) | ybdM ← | Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 635,148 | 0 | G | T | 11.3% | 258.7 / 2.5 | 89 | Q77K (CAA→AAA) | ybdM | Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/48); new base T (9/2); total (39/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCAC‑GATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCAC‑AATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGA‑TTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTG‑TTT‑GGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCT‑GTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTT > NC_000913/634910‑635386 | aTGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCAC‑GATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCAC‑AATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGA‑TTTTTg < 2:534844/239‑1 (MQ=255) gTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGGGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCAC‑GATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCAC‑AATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGA‑TTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCggg < 2:1163813/238‑1 (MQ=255) gTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCAC‑GATTTCCCTGGCATTTTTTTCCGTATGTTTGACCAC‑AATGGGGTGGGGAAAAACATCTATTTCAATGGG‑TTTTTGTAGCAGTTTTTTTTCGggt > 1:178044/1‑239 (MQ=255) gTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAC‑CATCCAC‑GATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCAC‑AATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGA‑TTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCggg < 2:773541/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |