| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,130,379 | A→C | 15.2% | V162G (GTA→GGA) | flgA ← | assembly protein for flagellar basal‑body periplasmic P ring |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,130,379 | 0 | A | C | 15.2% | 243.3 / 2.8 | 106 | V162G (GTA→GGA) | flgA | assembly protein for flagellar basal‑body periplasmic P ring |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/20); new base C (2/19); total (61/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GGCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGTTAACTGGATAGGTTGATCGGGTGATAGATCGCGCAGGCTAATGGCATCAACAAGTTGATTGATATCCAGCACCGTACGCGGTGGCAGGGTATCCAGCCGTCCGCGTTTCAGTTTGACATTGCCAGCTTCCAGCTTTCCTCCCCGCGCAATGGGCATCGCGGCAACCACATAATTTCCTGTGGCCTGTACATTAACCTGTAAATATCGTTTGTC > NC_000913/1130147‑1130617 | ggCGCTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCGcc > 1:870176/1‑239 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cTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCGCCATg > 1:156493/1‑238 (MQ=255) cTTTTATCATGTGTTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCCCCCTg > 2:1212967/1‑238 (MQ=255) gtgtgTTTCTTATTTAGCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACATGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTCCCTGTCCCGATACCATGCGCCCCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGCCCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCCCCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GT‑TTTTACCCGCCATGCCTGGCGaa < 2:1049852/238‑1 (MQ=255) tgtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCGCCATGCCTGGCGaa > 1:363045/1‑236 (MQ=255) tgtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCGCCATGCCTGGCGaa > 1:597164/1‑236 (MQ=255) tgtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCGCCATGCCTGGCGaa > 1:1072882/1‑236 (MQ=255) tgtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCGCCATGCCTGGCGaa > 1:1002898/1‑236 (MQ=255) tgtTGCTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCA‑GC‑TTTTACCCGCCATGCCCGGCGac > 1:1154357/1‑235 (MQ=255) cTTATTTATCGGCAAGGGACGGGTAATCTTTAACAGCTTACAGGTTTATAAGAATATTCCCA‑TCTGCATCAACAACGCCGCTGACTACCTGTCCCGATACCATGCGCACCCGCGCATTCTGTGCGACGGCTGCATTGTTCAGCGCCTGACCTTCTGCGTTGGCGCTAAACCCATCACCGCTGGCGATCACATTGACGCGTTGTCCC‑GC‑TTTTACCCGCCATGCCTGGCGAAACTGGGtt > 2:172974/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |