| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 360,362 | T→G | 17.6% | V124G (GTG→GGG) | cynX → | putative cyanate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 360,362 | 0 | T | G | 17.6% | 155.6 / 3.2 | 70 | V124G (GTG→GGG) | cynX | putative cyanate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/35); new base G (12/3); total (32/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.93e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGG‑CTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGG > NC_000913/360126‑360595 | ggtTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGa < 1:352209/239‑1 (MQ=255) 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1:553068/185‑1 (MQ=255) tGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCGGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGG‑CTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCTGAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGgc > 1:43667/1‑237 (MQ=255) tGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGGTTTCGCAGTGGGCGCCCCTGGGGATGGGGTCGTGGTCCGCGGCCTCTGTTGGG‑GGCGGCGGGCGTTGCGCCGCCATAACCCCCTGGTTGGTTTAACCTTACGGCACCTGGTATCCAacagctccccgggggggg > 2:416485/1‑223 (MQ=255) tACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGG‑CTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGctgcctgc < 1:30103/239‑1 (MQ=255) 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GGTTACCATGGGCGGGCTGGCGCTGGCCGGAAGCTGGCTTCATCAGCATGTCAGCGAACGTCGCAGTGTCGCCATCAGTCTGTTGCTGATTGCCGTCGGTGCATTGATGCGTGAGCTTTACCCGCAAAGTGCGCTGCTGCTTAGCAGCGCACTGCTTGGTGGGGTGGGGATCGGCATCATTCAGGCGGTGATGCCTTCGGTGATTAAACGGCGGTTTCAGCAGCGCACGCCACTGGTGATGGGGCTGTGGTCCGCGG‑CTCTGATGGGCGGCGGTGGGCTTGGTGCCGCCATAACGCCCTGGTTAGTTCAACATAGCGAAACCTGGTATCAAACACTCGCCTGGT‑GGGCGCTGCCTGCCGTTGTTGCGCT‑CTTTG‑CCTGGTGGTGGCAAAGCGCCCGCGAGGTCGCCTCTTCCCACAAGACAACAACCACTCCGGTTCGCGTGGTATTCACTCCCCGCGCGTGGACGCTGG > NC_000913/360126‑360595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |