| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,525,237 | G→T | 13.4% | W38L (TGG→TTG) | yfeN → | putative outer membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,525,237 | 0 | G | T | 13.4% | 213.3 / 5.6 | 94 | W38L (TGG→TTG) | yfeN | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/40); new base T (12/2); total (52/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATTAATCCACGGTAAAAACTGTATTGGCGATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCATTATCTGGACTGGACCAGCCGGACTACCGAAAAATCGTCGACCAAATCACACA‑AA‑GATG‑ATTTTGGTTATC‑TTGAATTTGAAGGTGGCGCT‑AACTTTAGTTGGGGA‑GAAATGTACGGGTTCTTCGACTGGGAAAACTTCTATAACGGTCG‑CCATAATAAACCAGGTAGCGAGCAGCGTTATACCTTTAAAAATACCAACCGTATTTACCTGGGTGACACCGGATTTAATCTCTACTTGCATGCGTATGGC > NC_000913/2525003‑2525475 | tATTAATCCACGGTAAAAACTGTATTGGCGATATTAATTCCTTTGCATTAACAATATGTCGTTTTTAGCAAACCACTTTATTAAGCAATCTACTAATAACGATCGGCATAGGGAATTATGCTATGAAAAAACATCTTTTAACTCTGACACTTTCCTCTATATTAGCGATACCTGTTGTATCTCATGCAGAATTTAAAGGCGGTTTTGCAGATATCGGCGTGCCTTATCTGGACTTGAcc > 1:110742/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |