| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,164,361 | A→C | 35.0% | G537G (GGT→GGG) | parC ← | DNA topoisomerase IV, subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,164,361 | 0 | A | C | 35.0% | 129.3 / 23.2 | 89 | G537G (GGT→GGG) | parC | DNA topoisomerase IV, subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/10); new base C (2/30); total (47/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTACGCGCCACCAGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTA‑CCTTTCACCGCCGCTTTGAAGCTATCACCCGCTTTATAATTCAGGCCCGGCGCGTCGATATCATGGCCTTTAGCGCTGCGTACCCAGCCCATCTGCGACAGCACAATGGTGACAGGTTCAGACGGCAGCATGTCGTGCTCGCTCATCGCTTTCGCTTCTTCGCGTTCCTGCAACGGCGAACGACGATCGTCACCGTAGGCTTGCGCGTCTGCCTGCAGTTCTTTCTTCAGCAGG > NC_000913/3164128‑3164595 | ttACGCGCCACCAGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTA‑CCtt > 1:678174/1‑238 (MQ=255) 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cgcCACCAGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCCCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAACCACTACCGGTTGGTTGCTCTTA‑CCTTTCAcc > 1:1202184/1‑238 (MQ=255) gcCCCCAGATCGTTAAAGGTGCAGACAAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTA‑CCTTTCAccg < 1:869539/238‑1 (MQ=255) caccaGATCGTTAAAGGTGCAGACGAAACCGTAACCCGCATCGGAAGCCATCAGCAGTTTCTGATCGTCGCTTTCCATCAGCATATGGTCAACGGTCGCCCCAGGCGGCAACGTTAATTTGCCGGTGAGCGGCTCGCCCTGACCACGCGCCGACGGCAGCGTAATCGGGTCAATGGCATAGCTACGACCGGTGGAATCAACAAACACTACCGGTTGGTTGCTCTTA‑CCTTTCAccgcc > 1:24852/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |