Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,499,692 | G→T | 19.9% | intergenic (+79/‑216) | yhfL → / → frlA | small lipoprotein/putative fructoselysine transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,499,692 | 0 | G | T | 19.9% | 199.3 / 6.3 | 77 | intergenic (+79/‑216) | yhfL/frlA | small lipoprotein/putative fructoselysine transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/37); new base T (14/2); total (38/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAACA‑CCGGTTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑GGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTG‑TTT‑CTATGT‑C‑CT‑TCTTGC‑CCCC‑GCCCGTAAAAATA‑TTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACA‑TCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCATTGTCATGTTACCTTTTAAATGACTGCAAACTCTCCCCTACAACGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAA > NC_000913/3499467‑3499928 | gCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTCGGGCCTACTGCACAGTAAATCTCTTACAGAAATCCGGTAACC‑CCGGTTTTATTGACCCACCCCCCCT‑TGGTTTTTCTAGGGGGTA‑TTTT‑GTT‑CTTTTT‑T‑CT‑TTTTTc‑cc > 1:858327/1‑238 (MQ=255) tGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTCGGTCCTACTGCACAGGAAATTTCTGACCCAAATAGGCTAACACCCGTTTTATTTCCCCCAGCCCCCCT‑GGTTTTTCGGGGGGGGAT‑TTTT‑TTT‑CT‑TGT‑C‑CT‑TCTTTC‑cccc‑cccccctaaa > 1:513069/1‑233 (MQ=255) aGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGATGCCGTCCCACTCCGCCGTAAATCTCTTACAGAAATCGGCTTACA‑CCCGGTGTATTTCCCGACCCCCTCT‑GGATTTTTCGAGGGCGCA‑TTTG‑TTT‑TTATTT‑C‑CC‑TCTTTC‑CCCC‑CCCCCTGAACata > 2:676735/1‑239 (MQ=255) tACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTGGGGCCCAATGACCACTAAGGCTCTGACCAAAAACTGATCACA‑CCGGGTTTATTGTCCGACGCCCTTTGGGATTTTAC‑AGGGCGGACTTTG‑TTT‑‑TATTT‑C‑GT‑TCTTTC‑CCCC‑CCCCTGAAAAATA‑tt > 1:1081316/1‑239 (MQ=255) tACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTCGGTCCTCCTGCACCCCAAATTTTCTACACAAAACGGCTAACA‑CCCGTTTTATTTTCCTCCCCCCTCC‑GGTTTTTTGCACGGCGGA‑CTTG‑TTT‑CTTTGT‑T‑CT‑TCTTTT‑CCCC‑CCCCCTACAAataat > 2:704276/1‑237 (MQ=255) tACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTCGGGCCCACTGCACAGTAAGTCTCTGAAAGAAATCGGCTAACA‑CCCGTTTAATTTCCCGACCCCCTCTGGGATTTTCCG‑GGGCGTA‑TTTT‑TTT‑CTATTT‑T‑CT‑TCTTTT‑CCCC‑CCCCGTCAAAATA‑tt > 1:1102114/1‑239 (MQ=255) tACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTTCCGGCCCCCCGCCCCGTATATTTCTGACAAAAATACGCGCACT‑CCGGGTTTTTTTTCCGCACCCCCCT‑GGATTTTTCGTAGGAGTG‑ATTG‑TTT‑TTGTATGC‑CT‑TTTTGC‑CCCC‑CCCCTTAAAAattt > 2:598568/1‑237 (MQ=255) 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2:538948/158‑1 (MQ=255) tCCGAGGGCGTA‑TTTG‑TTT‑CTATGT‑C‑CT‑TCTTGC‑CCCC‑GCCCGTAAAAATA‑TTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACA‑TCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTtata > 1:538948/1‑158 (MQ=255) gCGTA‑TTTG‑TTT‑CTATGT‑C‑CT‑TCTTGC‑CCCC‑GCCCGTAAAAATA‑TTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACA‑TCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCATTGTCATGTTACCTTTTAAATGACTGCAAACTCTCCCCTACAACGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATggg < 2:543001/237‑1 (MQ=255) ttG‑TTT‑CTATGT‑C‑CT‑TCTTGC‑CCCC‑GCCCGTAAAAATA‑TTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACA‑TCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCATTGTCATGTTACCTTTTAAATGACTGCAAACTCTCCCCTACAACGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAgg < 1:676735/239‑1 (MQ=255) 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GCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTTGCGGTCCTACTGCACAGTAAGTCTCTGACAGAAATCGGCTAACA‑CCGGTTTAATTGCCCGACGCCCTCT‑GGATTTTCCGAGGGCGTA‑TTTG‑TTT‑CTATGT‑C‑CT‑TCTTGC‑CCCC‑GCCCGTAAAAATA‑TTTTCACTTTAAATTCAATTTGATAACTACA‑TCCATTAGCCACAGCGCGATCCTGTGCGAAATTTTGTGATCTTCCTCCACATTACATAACATCATATGTTGTTATATTCATCATGCATTGTCATGTTACCTTTTAAATGACTGCAAACTCTCCCCTACAACGTATTGGACAAGAAAAAGGTATCGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAA > NC_000913/3499467‑3499928 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |