| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,569,241 | A→C | 12.5% | R29R (CGT→CGG) | glgC ← | glucose‑1‑phosphate adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,569,241 | 0 | A | C | 12.5% | 233.7 / 2.3 | 100 | R29R (CGT→CGG) | glgC | glucose‑1‑phosphate adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (66/15); new base C (2/15); total (68/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.95e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CTCTGCTGTGCTGGCAGCAGATCGACAAACTCGTTCATTTCTTCATTGAAGAATGACCAGCCGCGCTGAATGTGCTGCACCAGAGTGTGGGACTGGTACTGGGTGATCACGCCCATACGACGGATCCCGGAGTTGATGCAGTTAGACAGCGCAAAGTCGATAA‑TGCGGAA‑CTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAA‑TCCTT‑CAGGCGGGTA‑CCACGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCG‑CCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACT‑CCTTTTTTATCATCTCTGGAACACAC‑ACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGT > NC_000913/3569008‑3569479 | ctctGCTGTGCTGGCAGCAGATCGACAAACTCGTTCATTTCTTCATTGAAGAATGACCAGCCGCGCTGAATGTGCTGCACCAGAGTGTGGGACTGGTACTGGGTGATCACGCCCATACGACGGATCCCGGAGTTGATGCAGTTAGACAGCGCAAAGTCGATAA‑TGCGGAA‑CTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAA‑TCCTT‑CAGGCGGGTA‑CCACGt > 1:831968/1‑237 (MQ=255) ctgctgTGCTGGCAGCAGATCGACAAACTCGTTCATTTCTTCATTGAAGAATGACCAGCCGCGCTGAATGTGCTGCACCAGAGTGTGGGACTGGTACTGGGTGATCACGCCCATACGACGGATCCCGGAGTTGATGCAGTTAGACAGCGCAAAGTCGCTAA‑TGCGGAA‑CTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGATTATTGGTTAAA‑TCCTT‑CAGTCGGGTA‑CCACGtcat > 1:1113186/1‑236 (MQ=255) tgctgtgctgGCAGCAGATCGACAAACTCGTTCATTTCTTCATTGAAGAATGACCAGCCGCGCTGAATGTGCTGCACCAGAGTGTGGGACTGGTACTGGGTGATCACGCCCATACGACGGATCCCGGAGTTGATGCAGTTAGACAGCGCAAAGTCGATAA‑TGCGGAA‑CTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAA‑TCCTT‑CAGGCGGGTA‑CCACGtcctc > 1:990824/1‑238 (MQ=255) tgctgGCAGCAGATCGACAAACTCGTTCATTTCTTCATTGCAGAATGACCAGCCGCGCTGAATGTGCTGCACCAGAGTGTGGGACTGGTACTGGGTGATCACGCCCATACGACGGATCCCGGAGTTGATGCAGTTAGACAGCGCAAAGTCGATAA‑TGCGGAA‑CTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGATAAA‑TTCTT‑CAGGCGGGGA‑CCCCGccccacctccc > 2:1105759/1‑231 (MQ=255) 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gagTGTGGGACTGGTACTGGGTGATCACGCCCATACGACGGATCCCGGAGTTGATGCAGTTAGACAGCGCAAAGTCGATAA‑TGCGGAA‑CTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAA‑TCCTT‑CAGGCGGGTA‑CCACGGCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTAGCGCG‑CCCACATTAAGTGATCTTTCTTCTCTAAACTAACCATg > 1:493048/1‑239 (MQ=255) agTGTGGGACTGGTACTGGGTGATCACGCCCATACGACGGATCCCGGAGTTGATGCAGTTAGACAGCGCAAAGTCGATAA‑TGCGGAA‑CTTACCGCCGAAGTGTACGGCCGGTTTTGCTCGCTTATTGGTTAAA‑TCCTT‑CAGGCGGGTA‑CCACGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCG‑CCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATg > 1:593002/1‑238 (MQ=255) ggggtgtgggtgtggggTGACCCCGCCAAAACGAGGGACCCGGGTGTGGATGAAGTTAGACAGGGAAAAGTCGATAA‑GGGGGAT‑CTTCCCGCCGAGGTGTACGCCGGTTTTTGCTCGCTTATTGGTAAAA‑TCCTT‑CAGGCGGGTA‑CCCCGTCCTCCCGCCAGTATCAGGGCAACAGATTTCAATGGCAGCTGGCGCG‑CCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACt < 2:173825/224‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |