| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,947,830 | T→G | 15.9% | N46T (AAC→ACC) | hdfR ← | flhDC operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,947,830 | 0 | T | G | 15.9% | 215.9 / 4.8 | 90 | N46T (AAC→ACC) | hdfR | flhDC operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/64); new base G (14/2); total (24/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGC‑GGG‑TG‑AAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCAC‑TGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGC‑TAACTT‑CCAGGAAAG‑TTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCG‑CAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAA > NC_000913/3947593‑3948065 | gcTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGG‑GG‑AAAAGGt > 2:439485/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |