| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,088,437 | A→G | 9.4% | V473A (GTC→GCC) | frvR ← | putative frv operon regulator, contains a PTS EIIA domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,088,437 | 0 | A | G | 9.4% | 367.1 / 2.1 | 131 | V473A (GTC→GCC) | frvR | putative frv operon regulator, contains a PTS EIIA domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/83); new base G (13/2); total (46/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
AATATTTTTAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTG‑TTGTGCGACTAA‑TTGCG‑CACAAATTTGCCGGGTAATA‑TGTTGCCAGCTTTC‑ACCGCGTACATTCGAATAATGAAAAC‑TTCCGGGGGCAGAGAAAAAACGCTCCGGCTGTTGGCGAATAAATGCCGTCGCCAGAAAATGTTTTATTTGTTCGATACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACG > NC_000913/4088203‑4088671 | aaTATTTTTAGCTCATGACGCGCATCGGCGGCGGCGCAGGCGATCAAGACATGGTTAATGACTTCGTTATTCACCTCAACTGGTTGGGCGAGGGTAATAAAAAATCCACGAAAACGTCGCTCCTGTTCGCTCCAGCAATGTGGGATGGCGAGGCGATTAACAATCAGGTTTTCACCTTCGCCTTCGCGGGCGATGATGCGTTGTGCTTCATCGGCGGTAATATGGTG‑TTGTGCGACTaa < 1:148253/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |