| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,066,465 | T→C | 100% | K286R (AAG→AGG) | insH1 ← | IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,066,465 | 0 | T | C | 75.8% | 14.0 / ‑2.2 | 19 | K286R (AAG→AGG) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base C (5/9); total (9/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAA > NC_000913/2066196‑2066744 | aCTCATTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAACTGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCACCAGTTTTTCGTGAGATCTCACACACTGACGTCTCATTTGGTTCGCCCGACACAGGTTGGCCAGCGTGAATCACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGATTTCACGCAGCCGAAATGTCGCTTGATGATGTGAAATGGGTGCTCCAACTTGGCCCGGCAGCTGGGttt > 1:1725266/1‑289 (MQ=11) aGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGAGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGACCGAAACAGGTGGGCCAGCGTGAATACCATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAATCCGAACTGTCTCTTGATGATGCGAAATGGCTGCCTCACCTTGGCCCGGCTCCTGGCTTTTCTGTATTAGATGTTGATGGCAGTTTTg > 1:1178605/1‑289 (MQ=11) ccGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCAGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCCGCTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAATTGTCGCTTGATGACGCGAAGCGGGTGGTCCACCTCGGCACGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGGTGTTGGTGGCCGTTTGGTTCTTGGTTGGATGCGGTTTCAAGGTTTGTACCTTGCCGGGgcg > 1:1478663/1‑288 (MQ=11) cTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAACAAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTGGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCAGGTTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGTTGCGAAATGGGTGCTCAACCTTGCCCAGGTTGCTGGTTTTCATTTATTCGTTGTTGATGGCCGTTTTTTTTTTGCGTGGTGGCTGTTTCAAGGTTCTTACTTTGCCGGGGCGCCCGGCGATAACCCAGTACACATCTACCTCGCCCACcccctccccacgtgccgc > 1:1871945/1‑276 (MQ=11) 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atgCGAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTg < 2:1049455/288‑1 (MQ=14) atgCGAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTg > 2:1284110/1‑288 (MQ=14) gAAATTGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCAt < 2:1898626/288‑1 (MQ=14) 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aaaTGGGTGCTCCACCCTGGCGCGGATGCTGGCTTGCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTGCTTGCGTGGGTGCTGTTTCAAGCTGCTTACCTTGCCGGGGCGGTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATc < 2:1094801/288‑1 (MQ=9) aaTGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCg > 2:1420028/1‑288 (MQ=14) gggTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGacac < 2:1705999/289‑1 (MQ=14) gggTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGacac < 2:733675/289‑1 (MQ=14) tGCTCCATCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCACTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCaa > 2:66641/1‑289 (MQ=14) tGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCaa > 2:886548/1‑289 (MQ=14) | ACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAA > NC_000913/2066196‑2066744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |