| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,978,861 | A→C | 10.5% | T88P (ACC→CCC) | wzyE → | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,978,861 | 0 | A | C | 10.5% | 369.5 / 2.8 | 141 | T88P (ACC→CCC) | wzyE | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/57); new base C (2/17); total (67/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTG‑CGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTACAGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGCTTCTTTTACTTTTTCATC > NC_000913/3978624‑3979097 | cTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTTCATTGCTGTTTTTGCTCTCCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTG‑CGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCa < 2:192788/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |