Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,578,291:1 | +A | 3.6% | coding (1052/1686 nt) | yddA ← | putative multidrug ABC transporter permease/ATPase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,578,290 | 1 | . | A | 3.6% | 462.6 / 11.9 | 112 | coding (1053/1686 nt) | yddA | putative multidrug ABC transporter permease/ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (60/48); new base A (2/2); total (62/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.29e-01 |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTCTTTCAGTAAGCCGGTTTTGATTAACGGTGTTTGTGACACATACCAACTGTCAGCAGGAGAAGAAATATCACCTTTAAACCACGGCCAGCAGTGGGATAATGTTTTAAGCAGTGTGGTTTTTCCCGCGCCAGAGTAGCCTTTCAGTAATAGCCATTTGCCTGGCGAAACATGAAAGTTCAGGTTCTCTAATATGATCTTATTATCAGGCGTACGAATACTCGCATCAGCCACTTGTACCGCATGTTGGCAATTTTTAGGCTTATTCGTAGGGCGCTGTTCAGTG‑AGTTGATGGAACTCATACAAGCGATCGATAACCGCAGCCAGTTCAGCAAGTTCGTCATATTTATAAATAAACCAGCTTAAATTGTTCGATACCAGCATAAATGCCTGGCGCGATTTCATCAGTCCGCCCAGATTGATCTGCCCGCTAATAAACTGCGGCAATAACAGAAAGTAGGGAAGAACGCTAAGCGAGCGCGAATAAATATTCTGCCAGTAATCAAGCCACCGCTGACGATTCATTAAACGATGCCAGTTCTCTTTAATGGTATGAAAATTGTCGCTCAACTCC > NC_000913/1578005‑1578578 | ctctTTCAGTAAGCCGGTTTTGATTAACGGTGTTTGTGACACATACCAACTGTCAGCAGGAGAAGAAATATCACCTTTAAACCACGGCCAGCAGTGGGATAATGTTTTAAGCAGTGTGGTTTTTCCCGCGCCAGAGTAGCCTTTCAGTAATAGCCATTTGCCTGGCGAAACATGAAAGTTCAGGTTCTCTAATATGATCTTATTATCAGGCGTACGAATACTCGCATCAGCCACTTGTACCGCATGTTGGCAATTTTTAGGCTTATTCGTAGGGCGCTGTTCAGTG‑AGt < 2:747495/289‑1 (MQ=255) tAAGCCGGTTTTGATTAACGGTGTTTGTGACACATACCAACTGTCAGCAGGAGAAGAAATATCACCTTTAAACCACGGCCAGCAGTGGGATAATGTTTTAAGCAGTGTGGTTTTTCCCGCGCCAGAGTAGCCTTTCAGTAATAGCCATTTGCCTGGCGAAACATGAAAGTTCAGGTTCTCTAATATGATCTTATTATCAGGCGTACGAATACTCGCATCAGCCACTTGTACCGCATGTTGGCAATTTTTAGGCTTATTCGTAGGGCGCTGTTCAGTG‑AGTTGATGGa > 2:951565/1‑287 (MQ=255) aaGCCGGTTTTGATTAACGGTGTTTGTGACACATACCAACTGTCAGCAGGAGAAGAAATATCACCTTTAAACCACGGCCAGCAGTGGGATAATGTTTTAAGCAGTGTGGTTTTTCCCGCGCCAGAGTAGCCTTTCAGTAATAGCCATTTGCCTGGCGAAACATGAAAGTTCAGGTTCTCTAATATGATCTTATTATCAGGCGTACGAATACTCGCATCAGCCACTTGTACCGCATGTTGGCAATTTTTAGGCTTATTCGTAGGGCGCTGTTCAGTG‑AGTTGATGGAAc < 1:1064728/288‑1 (MQ=255) aaGCCGGTTTTGATTAACGGTGTTTGTGACACATACCAACTGTCAGCAGGAGAAGAAATAACACCTTTAAACCACGGCCAGCAGTGGGATAATGTTTTAAGCAGTGTGG‑TTTTCCCGCGCCAGAGTAGCCTTTCAGTAATAGCCATTTGCCTGGCGAAACATGAAAGTTCAGGTTCTCTAATATGATCTTATTATCAGGCGTACGAATACTCGCATCAGCCACTTGTACCGCATGTTGGCAATTTTTAGGCTTATTCGTAGGGCGCTGTTCAGTG‑AGTTGATGGaa < 2:390429/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |