| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 370,659 | T→C | 4.6% | L128P (CTG→CCG) | mhpB → | 2,3‑dihydroxyphenylpropionate 1,2‑dioxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 370,659 | 0 | T | C | 4.6% | 320.4 / 2.7 | 94 | L128P (CTG→CCG) | mhpB | 2,3‑dihydroxyphenylpropionate 1,2‑dioxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/44); new base C (3/2); total (48/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCTGTTTAGGCGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCACGCCGCTGCCCGGTTTCCAGCGTACCCGCATGTTGGGTGAAGCCATTGGACGTTTCACCAGCACTCTCAATAAACGCGTGCTGTTCCTGGGTTCCGGTGGGCTTTCCCATCAGCCGCCGGTGCCCGAACTGGCGAAAGCCGATGCCCATATGCGCGACCGTCTGTTGGGGAGCGGGAAAGATTTACCCGCCAGTGAGCGCGAATTGCGTCAGCAACGGGTGATTAGCGCCGCTGAGAA > NC_000913/370373‑370941 | aGCGCCCGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCTGTTTAGGCGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTgg > 2:470970/1‑289 (MQ=255) cccGCGGGGGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACGGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCTGTTTAGGCGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATaa < 1:1174349/289‑1 (MQ=255) cccGCGAGCGTATTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAGATCACTACAACGGCTTTTTCTATGACGTGATGCCACCGTTCTGTTTAGGCGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATaa > 2:126518/1‑289 (MQ=255) aTTGCGGCATTCTCCCCTGAACTGGTGGTGCTGTTTGCGCCAAACCACTACAACGGCTTTTTCTATGGCGTGATGCCACCGTTCTGTTTAGGCGTTGAAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTc < 1:104647/289‑1 (MQ=255) 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aTGCCACCGTTCTGTTTAGGCGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCACGCCGCTGCCCGGTTTCCAGCGTACCCGCATGTTGGGTGAAGcaa > 2:123536/1‑287 (MQ=255) ccgcctttcttttacggCGTGGGGGAGACGGTAATTGGTGATTGGGGCAGGGAGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTGTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCACGCCGCTGCCCGGTTTCCAGCGTACCCGCATGTTGGGTGAAGCCATTg < 1:642746/274‑1 (MQ=255) cACCGTTCTGTTTAGGCGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCACGCCGCTGCCCGGTTTCCAGCGTACCCGCATGTTGGGTGAAGCCATTg < 2:174904/288‑1 (MQ=255) 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tAGGCGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCACGCCGCTGCCCGGTTTCCAGCGTACCCGCATGTTGGGTGAAGCCATTGGACGTTTCACCAg < 2:316009/289‑1 (MQ=255) gCGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGGGGCAGGGGAGCGGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCACGCCGCTGCCCGGTTTCCAGCGTACCCGCATGTTGGGTGAAGCCATTGGACGTTTCACCAGCa < 1:722250/288‑1 (MQ=255) cGTTGGAGCGACGGCAATTGGTGATTTCGGCAGTGCGGCAGGAGAGCTGCCCGTGCCTGTGGAGCTGGCGGAGGCCTGTGCGCATGCCGTCATGAAGAGCGGGATCGATCTTGCCGTTTCTTACTGTATGCAGGTGGACCACGGGTTCGCCCAGCCGCTGGAGTTCCTGCTCGGTGGGCTGGATAAGGTGCCAGTTCTGCCTGTGTTCATCAACGGTGTCGCCACGCCGCTGCCCGGTTTCCAGCGTACCCGCATGTTGGGTGAAGCCATTGGACGTTTCACCAGCAc < 1:470970/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |