| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 203,990 | A→G | 2.7% | T215A (ACG→GCG) | lpxB → | tetraacyldisaccharide‑1‑P synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 203,990 | 0 | A | G | 2.7% | 535.1 / 2.2 | 160 | T215A (ACG→GCG) | lpxB | tetraacyldisaccharide‑1‑P synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/75); new base G (2/3); total (81/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
GTCAGTCCGTCAGTCTGGGCGTGGCGACAGAAACGTGTTTTCAAAATAGGCAGAGCCACCGATCTGGTGCTCGCATTTCTGCCTTTCGAAAAAGCGTTTTATGACAAATACAACGTACCGTGCCGCTTTATCGGTCATACCATGGCTGATGCCATGCCATTAGATCCAGATAAAAATGCCGCCCGTGATGTGCTGGGGATCCCTCACGATGCCCACTGCCTGGCGTTGCTACCGGGGAGCCGTGGTGCAGAAGTTGAAATGCTTAGTGCCGATTTCCTGAAAACGGCCCAGCTTTTGCGCCAGACATATCCGGATCTCGAAATCGTGGTGCCACTGGTGAATGCCAAACGCCGCGAGCAGTTTGAACGCATCAAAGCTGAAGTCGCGCCAGACCTTTCAGTTCATTTGCTGGATGGGATGGGCCGTGAGGCGATGGTCGCCAGCGATGCGGCGCTACTGGCGTCGGGTACGGCAGCCCTGGAGTGTATGCTGGCGAAATGCCCGATGGTGGTGGGATATCGCATGAAGCCTTTTACCTTCTGGTTGGCGAAGCGGCTGGTGAAAA > NC_000913/203708‑204272 | gtcagtccgtcagtcTGGGCGTGGCGACAGAAACGTGTTTTCAAAATAGGCAGAGCCACCGATCTGGTGCTCGCATTTCTGCCTTTCGAAAAAGCGTTTTATGACAAATACAACGTACCGTGCCGCTTTATCGGTCATACCATGGCTGATGCCATGCCATTAGATCCAGATAAAAATGCCGCCCGTGATGTGCTGGGGATCCCTCACGATGCCCACTGCCTGGCGTTGCTACCGGGGAGCCGTGGTGCAGAAGTTGAAATGCTTAGTGCCGATTTCCTGAAAACGGcc > 2:812002/1‑288 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |