| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,440,220 | G→A | 5.9% | L270F (CTT→TTT) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,440,220 | 0 | G | A | 5.9% | 551.0 / 15.7 | 167 | L270F (CTT→TTT) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (87/70); new base A (5/5); total (92/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
GCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGA‑‑TCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAGCCAGAATGGTTGCCGCACGACGAATCGCCTCTTCAGGATCGATTGTGCCGTTGGTTTCCATTTCGATGACCAGCTTGTCCAGGTCGGTACGCTGTTCTACACGCGCTGCTTCAACATTGTAGGCAATACGCTCCACAGGGCTGTAGCATGC > NC_000913/3439932‑3440505 | gCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGTCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGA‑‑TCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 2:1134115/289‑1 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |