| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,992,437 | T→G | 19.3% | L429* (TTA→TGA) | cyaA → | adenylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,992,437 | 0 | T | G | 19.3% | 137.8 / 27.5 | 66 | L429* (TTA→TGA) | cyaA | adenylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/30); new base G (7/6); total (30/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGCGCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGATTTGCCTAAGT > NC_000913/3992168‑3992709 | tGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGCGCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAg > 1:312895/1‑275 (MQ=255) 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cGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGCGCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATCACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCCGGCTATCGGCGTCCTGACGCGTAAGCTGTCTGCCCCGTTTGAACCCTTACCAGGTAACGTGACGCTGGTACAcc > 2:460939/1‑274 (MQ=255) cGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGCGCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAAcc > 1:192777/1‑274 (MQ=255) cGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGCGCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATAGCGGCGTGCTGACGCGTAAGATGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAAacc > 1:288809/1‑275 (MQ=255) 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atCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCg > 1:149447/1‑275 (MQ=255) gCGTGTTGAGGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGTTAAACCCGCATATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTg < 2:123535/275‑1 (MQ=255) ggggctgagcggTAAGCTGGATGCCGCGTTTGAAGAATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGGGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTg < 2:459750/263‑1 (MQ=255) tGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAtcacccgatctctcggaaccgaatctgacctttatttatgtgccgccgggccgggctaaccgttcaggttggtatctgtataaccgcgcgccaaatattgagtcgatcatcagccatcagccgctggaatataaccgttacc > 1:138711‑M1/1‑67 (MQ=255) gACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAtcacccgatctctcggaaccgaatctgacctttatttatgtgccgccgggccgggctaaccgttcaggttggtatctgtataaccgcgcgccaaatattgagtcgatcatcagccatcagccgctggaatataaccgttacctgaa < 2:138710‑M1/209‑147 (MQ=255) gTAAGCTTTATGCCGCGTTTGAAGCCTTACCAGGGAAAGTGACGCTGGTAACGCCGCAGAGTCCTCCCGATCGCTCGGAACCGAATCTGACCTGTATTGAGGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCTTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGt < 1:487058/275‑1 (MQ=255) tATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCCAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTCTAACAGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCAt > 1:462133/1‑275 (MQ=255) tGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAtcacccgatctctcggaaccgaatctgacctttatttatgtgccgccgggccgggctaaccgttcaggttggtatctgtataaccgcgcgccaaatattgagtcgatcatcagccatcagccgctggaatataaccgttacatgaataacctggtggagagggcagggtttaacggcctcctgaccgtgagaacccgtctgtctattaaaggtaacggccttgccga > 2:482816‑M1/1‑48 (MQ=255) tgTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTCAAGGCCTGCTGACCTCGCGCAACCGGTTCTATATTAAAGGTCACGGCATTGTCGAt > 1:44026/2‑275 (MQ=255) gAAGCATGACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGATTTGcc < 2:475045/275‑1 (MQ=255) ttACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCACATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATTTAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGACTGGTGACCTCGCGCCCCCGTTTGTATATTAAAGGTACGGTCATTGTCGATTTGCCTAAGt > 1:227660/1‑274 (MQ=255) | TGAACGCGCCTGCGTAGGCTGGCGTCGCGCAGTGTTGAGCCAGTTAGTGAGCGAGTGGGGTTGGGACGAAGCTCGTCTGGCAATGCTCGATAACCGCGCTAACTGGAAGATTGATCAGGTGCGTGAGGCGCACAACGAGTTGCTCGACGCGATGATGCAGAGCTACCGTAATCTGATCCGCTTTGCGCGTCGCAATAACCTTAGCGTCTCCGCCAGTCCGCAGGATATCGGCGTGCTGACGCGTAAGCTGTATGCCGCGTTTGAAGCATTACCAGGTAAAGTGACGCTGGTAAACCCGCAGATTTCACCCGATCTCTCGGAACCGAATCTGACCTTTATTTATGTGCCGCCGGGCCGGGCTAACCGTTCAGGTTGGTATCTGTATAACCGCGCGCCAAATATTGAGTCGATCATCAGCCATCAGCCGCTGGAATATAACCGTTACCTGAATAAACTGGTGGCGTGGGCATGGTTTAACGGCCTGCTGACCTCGCGCACCCGTTTGTATATTAAAGGTAACGGCATTGTCGATTTGCCTAAGT > NC_000913/3992168‑3992709 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |