| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 67,887:2 | +T | 71.6% | coding (451/1503 nt) | araA ← | L‑arabinose isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 67,887 | 2 | . | T | 71.6% | 206.8 / 72.2 | 74 | coding (451/1503 nt) | araA | L‑arabinose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (10/11); new base T (33/20); total (43/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 | |||||||||||
GGATTTGTGTGGCAGGCGTCATGGTGTAGCAGCTTTCGTACTCATCGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCA‑‑GT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCATATCGATACTGTCCCACGGCAGCGCCGCGTTGAACTGGGTGTGGAATTGCAGCAACGGTTTGTTGAGCATGGTCAGGCCGTTGATCCACATTTTGGCCGGGGAGAAGGTGTGCAGCC‑ACACCACCAGACCAGCGCAACGATCGTCGTAATTCGCGTCGCGGCAAATAGCGGTGATTTCATCCGGCGTG > NC_000913/67602‑68173 | ggATTTGTGTGGCAGGCGTCATGGTGTAGCAGCTTTCGTACTCATCGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCA‑‑Gt < 2:273810/288‑1 (MQ=255) aTTTGTGTGGCAGGCGTCCTGGTGTAGCAGCTGTCGTACTCGTCGACCAGAGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCA‑‑GT‑‑gt < 1:104132/288‑2 (MQ=255) aTTTGGGTGGCAGGCGTCATGGTGTAGCAGCTTTCGTACTCATCGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCA‑‑GT‑‑gt < 1:549651/288‑2 (MQ=255) tAGCAGCTTTCGTACTCATCGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCtt > 2:260825/1‑288 (MQ=255) tAGCAGCTTTCGTACTCATCGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTg > 2:351655/1‑289 (MQ=255) tAGCAGCTTTCGTACTCATCGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCA‑‑GT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGAc > 2:246900/1‑289 (MQ=255) agcagcTTTCGTACTCATCGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTg > 1:381650/1‑288 (MQ=255) 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cGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCA‑‑GT‑‑GACCGGt < 1:328630/250‑1 (MQ=255) cGACCAGCGCGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCA‑‑GT‑‑GACCGGt > 2:328630/1‑250 (MQ=255) gcgcGTTAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCg > 2:191054/1‑289 (MQ=255) 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tAACATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTcg < 2:381650/289‑1 (MQ=255) aaCATCGCCGTCGCTGATGGAGTTCACCACCTGCACCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCA‑‑GT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGa < 2:452332/289‑1 (MQ=255) cgtCGCCGGCGCTAATGGAGTTCACCACCTGGCCCAGATCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGa < 1:260825/287‑1 (MQ=255) 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aTCGCCAACCGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCa < 2:121019/289‑1 (MQ=255) cGCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCATATCGATAc < 1:150609/289‑1 (MQ=255) gCCCAGGTATTGACGGAGAAACCGAACTTGATCTGTGCGGCAACTTTATCGCCATCGGTGACCGCCACTTCACGCATGTTATCGCCAAATCGGCAGACTTTCAGATGACGGGTATCCTGTTTAGAGACCGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGcc < 2:258301/247‑1 (MQ=255) 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cGCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCATATCGATACTGTCCCACGGCAGCGCCGCGTTGAACTGGGTGTGGAATTGCAGCAACGGTTTGTTGAGCATGGTCAGGCCGTTGATCCACATTTTGGCCGGGGAGAAGGTGTGCAGCC‑ACACCACCAGACCAGCGCAAc > 2:356846/1‑289 (MQ=255) gCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCATATCGATACTGTCCCACGGCAGCGCCGCGTTGAACTGGGTGTGGAATTGCAGCAACGGTTTGTTGAGCATGGTCAGGCCGTTGATCCACATTTTGGCCGGGGAGAAGGTGTGCAGCC‑ACACCaccagac > 1:354259/1‑279 (MQ=255) gCCTGACGCATCCAGGAGCCGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCATATCGATACTGTCCCACGGCAGCGCCGCGTTGAACTGGGTGTGGAATTGCAGCAACGGTTTGTTGAGCATGGTCAGGCCGTTGATCCACATTTTGGCCGGGGAGAAGGTGTGCAGCC‑ACACCaccagac < 2:354259/279‑1 (MQ=255) 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cGATACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCATATCGATACTGTCCCACGGCAGCGCCGCGTTGAACTGGGTGTGGAATTGCAGCAACGGTTTGTTGAGCATGGTCAGGCCGTTGATCCACATTTTGGCCGGGGAGAAGGTGTGCAGCA‑ACACCACCAGACCAGCGCAACGATCGTCGTAATtcgcgtc > 2:265683/1‑288 (MQ=255) aTACGCTCATGGGCTTGTTTATCCTGCCAGTGT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCATATCGATACTGTCCCACGGCAGCGCCGCGCTGAACTGGGTGTGGAATTGCAGCAACGGTTTGTTGAGCATGGTCAGGCCGTTGATCCACATTTTGGCCGGGGAGAAGGTGTGCAGCC‑ACACCACCAGACCAGCGCACCGATGTTCGTAATctgcgtcgcg > 1:181624/1‑289 (MQ=255) cGCTCATGGTTTTGTTTATCCTGCCA‑‑GT‑‑GACCGGTAACCACGGCATGTTGCTGACGCATACGCGCGCCAATGAAGCCGAACTCGCGACCGCCATGTGCAGTCTGGTTCAGGTTCATAAAGTCCATATCGATACTGTCCCACGGCAGCGCCGCGTTGAACTGGGTGTGGAATTGCAGCAACGGTTTGTTGAGCATGGTCAGGCCGTTGATCCACATTTTGGCCGGGGAGAAGGTGTGCAGCC‑ACACCACCAGACCAGCGCAACGATCGTCGTAATTCGCGTCGCGGCaaa < 2:291852/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |