New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3890129 | 180 (2.340) | 6 (0.080) | 6/496 | NT | 3.2% | coding (1401/1416 nt) | tnaA | tryptophanase/L‑cysteine desulfhydrase, PLP‑dependent |
? | NC_000913 | = 3890267 | 192 (2.550) | coding (33/1248 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GCAGACCAGTTCCCGGCACAGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTTAATTAATACTACAGAGTGGCTATAAGGATGTTAGCCACTCTCTTACCCTACATCCTCAATAACAAAAATAGCCTTCCTCTAAAGGTGGCATCATGACTGATCAAGCTGAAAAAAAGCACTCTGCATTTTGGGGTGTTATGGTTATAGCAGGTACAGTAATTGGTGGAGGTATGTTTGCTTTACCTGTTGATCTTGCCGGTGCCTGGTTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTT > NC_000913/3889845‑3890413 | gCAGACCAGTTCCCGGCACAGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTa > 1:276568/1‑289 (MQ=255) taCCAGTTCCCAGGACCGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGTGATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAaag < 2:41399/288‑1 (MQ=255) aCCAGTTCCCGGCACAGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAaaga > 1:665923/1‑289 (MQ=255) aCCAGTTCCCGGCACAGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAaaga > 1:705381/1‑289 (MQ=255) aCCAGTTCCCGGCACAGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAaaga > 2:252008/1‑289 (MQ=255) aCCAGTTCCCGGCACAGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAaag < 2:572079/288‑1 (MQ=255) ccAGTTCCCGGCACAGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTaaa < 2:376411/286‑1 (MQ=255) 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cacaGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTTtaattaat > 1:230373/1‑289 (MQ=255) aGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTttaat < 1:321238/282‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCCTGCGAGCTGTATAAAGTCGCCGGTATCCGTGCGGTAGAAATTGGCTCTTTCCTGTTAGGCCGCGATCCGAAAACCGGTAAACAACTGCCATGCCCGGCTGAACTGCTGCGTTTAACCATTCCGCGCGCAACATATACTCAAACACATATGGACTTCATTATTGAAGCCTTTAAACATGTGAAAGAGAACGCGGCGAATATTAAAGGATTAACCTTTACGTACGAACCGAAAGTATTGCGTCACTTCACCGCAAAACTTAAAGAAGTtta < 2:475514/280‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |