| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,769,672 | (A)8→7 | pseudogene (1/111 nt) | yibV → | pseudogene, putative cryptic Rhs immunity protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,769,665 | 0 | A | . | 98.4% | 282.7 / ‑3.5 | 64 | pseudogene (322/327 nt) | yibV | pseudogene, putative cryptic Rhs immunity protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (34/29); minor base T (0/1); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATAGATGCTGGACTTTCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAATAAAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGATGAATGATAACTTAATTTTATTTAAAA > NC_000913/3769523‑3769802 | aaTAGATGCTGGACTTTCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAATa < 2:163007/143‑1 (MQ=255) ggACTTTCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAATaaaaaaatcat > 2:293733/1‑139 (MQ=255) gACTTTAAGAATCATATACATGCTAATTATTAAATAAGGTAAAGATCATAAGACCATAACTGAAAAAACTAAATCCACTACAACAAACCGAAGATTGAATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCAtt < 1:392029/143‑1 (MQ=255) tttCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGat < 1:293733/143‑1 (MQ=255) aTCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACATGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAAtt < 1:250864/143‑1 (MQ=255) tCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTc > 2:699501/1‑143 (MQ=255) tCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTc < 2:1023291/143‑1 (MQ=255) ccTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCa > 2:116763/1‑143 (MQ=255) acTATACATGCTATTTATTAAGTAAGAGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCa < 1:591811/142‑1 (MQ=255) cTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAg > 1:372204/1‑143 (MQ=255) gCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATACACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATAtt > 2:99942/1‑143 (MQ=255) cTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATTAAAGATAAGAAT‑ACAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATAttt > 1:420323/1‑143 (MQ=255) cTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATAttt > 1:417517/1‑143 (MQ=255) atttattAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGt > 1:261272/1‑143 (MQ=255) attaAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGtg < 2:964623/143‑1 (MQ=255) 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1:866329/1‑143 (MQ=255) cAACTGGCCCCCGATTGCACTGAAAGAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGTCCATtgatga < 2:68698/143‑1 (MQ=255) aaCTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTgatgat > 2:747884/1‑143 (MQ=255) gcTTGCCGCTGATTGCAGTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGAtt < 2:356410/142‑1 (MQ=255) aCTTGCCGCTGATTGGATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGAGAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAAGTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGAtt < 2:227971/143‑1 (MQ=255) aCTTGCCACTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGAtt < 1:286543/143‑1 (MQ=255) 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> 2:294365/1‑143 (MQ=255) taaataaaATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGCTGCTTCTATAAAGTGCATCGATGAATGCTaa > 2:262977/1‑143 (MQ=255) taaataaaATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGATGAATGATaa < 2:340488/143‑1 (MQ=255) taaataaaATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGATGAATGATaa > 1:272921/1‑143 (MQ=255) aaataaaataAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGATGAATGATAAc < 1:726398/143‑1 (MQ=255) aaagaaaagaaaagaTAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGATGAATGATAAc < 1:690528/143‑1 (MQ=255) 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< 1:1039312/143‑1 (MQ=255) aaGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGATGAATGATAACTTAATTTTATTTaaaa > 2:753005/1‑143 (MQ=255) | AATAGATGCTGGACTTTCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAATAAAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGATGAATGATAACTTAATTTTATTTAAAA > NC_000913/3769523‑3769802 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |