| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2313545 | 3 (0.050) | 50 (0.840) | 44/278 | 0.3 | 94.4% | coding (60/2673 nt) | rcsD | phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC |
| ? | NC_000913 | 2514275 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL1 | nucleoside (except guanosine) transporter/IS186 transposase | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TCAGGTAAGAGTCTGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGC > NC_000913/2313404‑2313687 | actgttttctattcgtttgacagcatccctgacagccgacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTAcc > 2:798686‑M1/132‑143 (MQ=255) ggtggccactcgtggtacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagatcgcgaggcatcgtcttaacgatgcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGc > 1:424282‑M1/129‑143 (MQ=255) gtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagctggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGct < 2:805612‑M1/16‑1 (MQ=255) gTAAGAGTCTGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataag > 2:205363‑M1/1‑138 (MQ=255) gcgatgcgcgggacggtatccctggcagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGcttct > 1:186337‑M1/125‑143 (MQ=255) tGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGACTG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCATTTCACTCCTACCGGGTAGCATTACCacgagcgcgaccgc > 1:825642‑M1/1‑129 (MQ=255) tGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaactt > 2:691982‑M1/1‑129 (MQ=255) ggcatttCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTGTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaactta < 1:422905‑M1/140‑16 (MQ=255) ggAATTTCAGCCGGTGCCCTGTAGACAGCCCTAGCCCTACGCGAAGTTTTAACCGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGGCAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaactta < 1:258676‑M1/143‑16 (MQ=255) ggAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaactta > 2:945055‑M1/1‑128 (MQ=255) tgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTg < 2:45683‑M1/27‑1 (MQ=255) tgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgacttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaaggtagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTGTtacgg < 2:555411‑M1/27‑3 (MQ=255) gggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGt < 2:191413‑M1/28‑1 (MQ=255) acagtctccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcagtcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGa > 1:152583‑M1/113‑143 (MQ=255) tCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaacttaagggtt > 1:496373‑M1/1‑122 (MQ=255) cggtgtcccgcacagcctactacgcgcagctgaataacgcgaggcatcgtcttaccgaggcaccgaggcgtcgcagtcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGAt > 1:846035‑M1/112‑143 (MQ=255) cagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggtccaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGAt > 2:555365‑M1/112‑143 (MQ=255) cacaCTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCCGGGAGCATTACCatcagcgctaacttaagggttg > 1:585741‑M1/1‑121 (MQ=255) cacTGTACCCTTTATACGGCCCTATCACTGCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaacttaagggttgtg < 1:233941‑M1/143‑25 (MQ=255) 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acaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGAc < 2:897089‑M1/50‑1 (MQ=255) tGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGAGCCGGTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgccggatatg > 2:787543‑M1/1‑102 (MQ=255) aaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattctccagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTGTTACTGTTGATCGTCGTGCTGCTGCTGACGa < 1:949056‑M1/52‑1 (MQ=255) aacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggagtcgcattctgcagctggatcaacccttaaggtagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTCTTACTGTTGCTCATTGTGGTCCTGGTgacggga < 1:269992‑M1/54‑4 (MQ=255) acgcagttgaggaacgctaggcatcttcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTGTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATgg > 1:205716‑M1/89‑143 (MQ=255) aattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATGGGGTTACTGGTGACgatgggggt < 2:392117‑M1/59‑4 (MQ=255) gaagaacgcgaggcatcgtcttaacgtggcaccgacgcgtcgtattcttcacatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTAGCCGCTTCTTTGTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATg > 1:510053‑M1/81‑143 (MQ=255) gcgAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtggcga > 2:236446‑M1/1‑88 (MQ=255) gaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCCTTGTGTTACTGGTGACGATGGGTCTAATGGTa < 1:513181‑M1/66‑1 (MQ=255) cgAAGGTTTAACGGGTCACGTACCCGATTG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgat < 1:907964‑M1/143‑57 (MQ=255) 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acccttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTTATGTTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTAcc > 1:700061‑M1/21‑143 (MQ=255) ccGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCataagagctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgattaaacgtgccgatgaattactctcacgataacgggtcagcaatgctggcccatatcggtgagcccgaag > 1:870418‑M1/1‑31 (MQ=255) cttaagttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGATACCAGATTGTCGACATTACCCAt < 1:22104‑M1/126‑1 (MQ=255) gttagcgcttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTAt > 2:901146‑M1/13‑143 (MQ=255) tCCTACCGGGGAGCATTACCataagcgctaactaaagggttgtggcatcacgcctgataagatgtaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatact > 2:1038828‑M1/1‑20 (MQ=255) tACCGGGAAGCATTACCatgagctataatttaaggtggggggtattacgcctcatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcg < 2:537653‑M1/143‑127 (MQ=255) cttgtGGGAGCATCACCCGCTGCTTTTTGCGCGTGAGCATTGTGTTACCGGGGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAg > 1:311208‑M1/6‑143 (MQ=255) ttatGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCAGTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAGGATGAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCAAGGCTATAAAAAAgc < 2:463552‑M1/139‑1 (MQ=255) aCCGGGGAGCATTACCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcgg > 2:809330‑M1/1‑16 (MQ=255) cGGGGAGCATTACCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggca < 2:496373‑M1/143‑130 (MQ=255) GGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTACTGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGGAGGATAAAAGTAACCAGACTGGCGACATTACCCATGCTATCCAAACGCGCGt < 1:121058‑M1/143‑1 (MQ=255) ttACCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgcc < 1:369780‑M1/143‑139 (MQ=255) ttACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGGCATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAAc > 2:4667/1‑143 (MQ=255) aCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta > 1:947100‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaatta < 2:947100‑M1/65‑63 (MQ=255) | TCAGGTAAGAGTCTGGAATTTCACACTGTACCCTTTATACTGCCCTATCACTTCGCGAAGTTTTAACAGGTCATAAACACGAATG‑CGTCAGAAAGAGACAACGGCCACGACCCGCTTTTCACTCCTACCGGGGAGCATTACCCGCTTCTTTTTACTGTTGATCATTGTGTTACTGGTGACGATGGGTGTAATGGTACAAAGCGCCGTTAACGCCTGGCTGAAAGATAAAAGTTACCAGATTGTCGACATTACCCATGCTATCCAAAAGCGCGTCGATAACTGGC > NC_000913/2313404‑2313687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |