| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,858 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815858 | 3815939 | 82 | 50 [0] | [1] 51 | [rph]–[rph] | [rph], [rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815857 | 0 (0.000) | 48 (0.850) | 41/262 | 0.3 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815940 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH | |||||
TGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCT > NC_000913/3815721‑3815998 | tgcttgctAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCCGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCctgccc > 1:410376‑M1/1‑137 (MQ=255) gcttgctAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcctc > 2:632984‑M1/1‑136 (MQ=255) gcttgctAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccc > 2:911721‑M1/1‑136 (MQ=255) ctggctcagCGCAAAGTCAATAAACTGGGCGTGATATGGTTGCATGCCTTCGCTCCTCATCTGACGTGCCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccct < 1:1011065‑M1/140‑9 (MQ=255) ttgctAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctg < 1:201795‑M1/143‑10 (MQ=255) tAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTAT‑ACAAAGCCAAAATAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcact > 2:610085‑M1/1‑130 (MQ=255) cccaaATTCGATCCACCGGCGCTGTTCTGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCTGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaa < 2:491916‑M1/141‑18 (MQ=255) aaTTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAACAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTCCTGCcgtgcccaccacctcactagt > 2:534538‑M1/1‑122 (MQ=255) ttCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcctcccctgcacttcaatgatgc > 1:598414‑M1/1‑120 (MQ=255) aaTAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTACAACTCTGTGTTGTAGCTCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcc > 2:199352‑M1/1‑117 (MQ=255) aaTAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcc > 2:565597‑M1/1‑117 (MQ=255) aCTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAACAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtccccagcacttgcatgatcggcccgtct > 1:198581‑M1/1‑112 (MQ=255) ggCGCCGATACGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcg < 2:939179‑M1/143‑35 (MQ=255) gcTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtc < 1:331466‑M1/143‑38 (MQ=255) 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aTGCCTTCGCTCCTCCGCTTACTTTTCT‑ACAGAAAATAAAAACGCGCCCCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcat < 1:221909‑M1/143‑52 (MQ=255) gCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcacctgcacttcaatgatgcgccagtcttcggccatcaccgcgttcatgt > 1:968131‑M1/1‑90 (MQ=255) atcctcaTCTTACGTTTCTCACA‑ACAAAAAAACGCCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTGGCCAGCGCCGCCTCCTGCcgtcccctgcacgtcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctc < 1:40282‑M1/142‑61 (MQ=255) cctcATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtgatcacgacggtaatgtcggggtctg > 2:189703‑M1/1‑81 (MQ=255) cctcATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctg < 1:911721‑M1/143‑63 (MQ=255) ctcATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcctgtcggtctctgc > 2:366153‑M1/1‑80 (MQ=255) ttttCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcggagtct > 2:560882‑M1/1‑70 (MQ=255) tttCT‑ACGCACAAAAAAAAGGCGATGCAGCAGTCGCCTTAAAAATCAGGTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgaggcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtctt < 1:409683‑M1/143‑75 (MQ=255) ttCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttc < 2:298500‑M1/143‑76 (MQ=255) aGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagggtcttcaacgta > 2:61023‑M1/1‑62 (MQ=255) 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ccTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttcaacgtattccagatcgcaaaccgcttcgccgttc < 2:302849‑M1/143‑110 (MQ=255) ccTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttcaacgtattccagatcgcaaaccgcttcgccgttc > 2:1007226‑M1/1‑34 (MQ=255) ccTTAAAAATCAGTCTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgtccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttcaacgtattccagatcgcaaaccgcttcgccgttc < 1:842069‑M1/143‑110 (MQ=255) ccTTAAAAATCACCTCGCCAGCGCCGCCTTCTGCcctcccctgcacttccatgctgcgcccgtcttcggccctcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttcaacgtattccagatcgcaaaccgcttcgccgttc < 1:923763‑M1/143‑110 (MQ=255) ttAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcgtcaacgtattccagatcgcacaccgcttcgccgttcac > 2:91366‑M1/1‑32 (MQ=255) 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gCcgtcccctgcacttcaatgatgcgcccgtcttcggtcatcactacgttcatgtcggtctctgcggcagagtcttcaacgtattccagatcgcaaaccgcttcgccgttcacgattccgacagaaactgcggctaccatccc > 2:617183‑M1/1‑2 (MQ=255) | TGCTTGCTAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCT‑ACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCT > NC_000913/3815721‑3815998 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |