| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,391,251 | Δ1 bp | 4.6% | coding (603/921 nt) | ycjY ← | S9 homolog non‑peptidase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,391,250 | 0 | C | . | 4.6% | 317.6 / 5.7 | 87 | coding (604/921 nt) | ycjY | S9 homolog non‑peptidase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/37); new base . (2/2); total (48/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAATTGCTTCAGCCACATAGGCTTTGCCGTCATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGGTGCTGTTGGATACTGCGCGCGAGGGGTGTGGTAATACTCCCAGGCCTGACGCAGTTCTTCGTTCGGCGCATCGGACTCCTTCATTGGTGCCAGTGGCATAATGGCGTATTCTCCGCTGCTAATATCGCTGGTTCTGGCGTTTGAACCCGCTTCAACGTATGGCAGGGCATCAATAGATTTCACATTGTTTTCCCAACCATTACGGAATATCGAACCAATATTGACCGCACTAACGGTACCGATGGCCTTGATGCGGCGATCCTGAATTGCAGCATTGGCTGTATATCCTGCACCGGCACAAATTCCCATCGCACCAATTCGGGTATTGTC > NC_000913/1390967‑1391535 | gAAATTGGTTCAGCCACATAGGCTTTTCGGTCATAAAGTTCCATAGGGTTTGCGCTTTCAACAATGGGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGGTGCTGTTGGATACTGCGCGCGAGGGGTGTGGTAATACTCCCAGGCCTGAc < 1:505146/289‑1 (MQ=255) cATAAAGATCCATATGGTTTGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGGTGCTGTTGGATACTGCGCGCGAGGGGTGTGGTAATACTCCCAGGCCTGACGCAGTTCTTCGTTCGGCGCATCGGACTCCt > 1:861894/1‑288 (MQ=255) tttGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGGTGCTGTTGGATACTGCGCGCGAGGGGTGTGGTAATACTCCCAGGCCTGACGCAGTTCTTCGTTCGGCGCATCGGACTCCTTCATTGGTGCCAGTGGCa > 2:40786/1‑289 (MQ=255) tGCTCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGCCACTCATCCATTAGCTCCCTGCATCGCTGCCCTCCACAATATGCGTCGGATGAGACAGGTACACTTCCGCCATATGGTAGGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGTCTGGGAAAGGTACCGTAACACGGTGCTGTTTGATGCGGCGCGGAAGGGGTGTGGTAACATTCCCGGCCCTGACTCAGTTCTTCGTTCGGCCCATCGGGCTCCTTCATgggatcctgtgcccaa > 1:806197/1‑276 (MQ=255) tGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGGTGCTGTTGGATACTGCGCGCGAGGGGTGTGGTAATACTCCCAGGCCTGACGCAGTTCTTCGTTCGGCGCATCGGACTCCTTCATTGGTGCCAGTGGCATa < 2:861894/289‑1 (MQ=255) tGCGCCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGGTGCTGTTGGATACTGCGCGCGAGGGGTGTGGTAATACTCCCAGGCCTGACGCAGTTCTTCGTTCGGCGCATCGGACTCCTTCATTGGTGCCAGTGGCATa > 2:798838/1‑289 (MQ=255) cgcCTTCAACAATGTGATAGCGTTTATCCTGGCTTGATGCTCGATCGTACAGGTCGTCACTCATCCATTTGCTCCCTGCCTGGCTGCCCGCCACAATCTGCGTCGGCTGAGTCAGGTACACTTCCGCCATATGGTAAGCATCATAGGTAATAATCTGGTTAAGGCTGCGCAAAGTAGCGTAACCCGGTGCTGTTGGATACTGCGCGCGAGGGGTGTGCTAATACTCCCAGGCCTGACGCAGTTCTTCGTTCGGCGCATCGGTATCTTTCATTGGTGCCAGTGGCCTAAt > 1:166117/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |