| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 209,217 | Δ1 bp | 4.6% | coding (597/960 nt) | accA → | acetyl‑CoA carboxylase, carboxytransferase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 209,216 | 0 | T | . | 4.6% | 319.1 / 5.3 | 87 | coding (596/960 nt) | accA | acetyl‑CoA carboxylase, carboxytransferase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/39); new base . (2/2); total (46/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
CGCCCGTCTCGATGGTCGTCCGGTGATGATCATTGGTCATCAAAAAGGTCGTGAAACCAAAGAAAAAATTCGCCGTAACTTTGGTATGCCAGCGCCAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCACCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAATATGCTGCAATACAGCACCTATTCCGTTATCTCGCCGGAAGGTTGTGCGTCCATTCTGTGGAAGAGCGCCGACAAAGCGCCGCTGGCGGCTGAAGCGATGGGTATCATTGCTCCGCGTCTGAAAGAACTGAAACTGATCGACTCCATCATCCCGGAACCACTGGGTGGTGCTCACCGTAACCCGGAAGCGATGGCGGCATCGTTGAAAGCGCAACTGCTGGCGGA > NC_000913/208935‑209498 | cGCCCGTCTCGATGGTCGTCCGGTGATGATCATTGGTCATCAAAAAGGTCGTGAAACCAAAGAAAAAATTCGCCGTAACTTTGGTATGCCAGCGCCAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCACCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGt < 2:673431/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |