| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,308,102 | G→A | 87.9% | A274V (GCA→GTA) | nlpI ← | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,308,102 | 0 | G | A | 87.9% | 291.7 / 27.4 | 99 | A274V (GCA→GTA) | nlpI | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/6); new base A (52/35); total (58/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
TCAGGCCCAGATCTGCAAAAGTGGTTTCGAATTCAGCCATGTAGTACGTGTGCCTCAAAATTAATGGCGGCCAGTCTACATAACTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTTAGGTAGTACTTACCTAAATAGAAGTTGGTTTCACTGAGATGCTCAGCGAGCGAGGTGTTATCCGTTGCGTCCGCCTTGAGCCTTTCCATTAA‑CGTTTGTTCGCTAATGTTGCCCAGGTAGAACTCGACAATGTTCCATCCCCACTGTTCCTTATCCGATTTTTCGAAGTGCTGTTTCAACACTTCTTTAGC > NC_000913/3307819‑3308379 | tCAGGCCCAGATCTGCAAAAGTGGTTTCGAATTCAGCCATGTAGTACGTGTGCCTCAAAATTAATGGCGGCCAGTCTACATAACTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTa > 1:236509/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |