| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,858 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815858 | 3815939 | 82 | 68 [0] | [0] 68 | [rph]–[rph] | [rph], [rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815857 | 0 (0.000) | 65 (1.110) | 49/264 | 0.1 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815940 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective),enzyme, Degradation of RNA, RNase PH | |||||
ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815798‑3816081 | acacctgcatgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcctcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcaccagtcgccttaaaaatccgtttgccagcgccgccttctgcc > 1:1075427‑M2/143‑143 (MQ=255) tgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTccc < 1:642182‑M2/6‑1 (MQ=255) tcatcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagaccaaaaaaaggcgactcatcagtcgcctcaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGCCCGCTGCACt > 1:1023439‑M2/131‑143 (MQ=255) taagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaacgcgcctcatcagtcgccctacaaacccgcttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACt > 1:72852‑M2/131‑143 (MQ=255) gcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccgtcgctcctcatcgtacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACCTCa > 1:473879‑M2/128‑143 (MQ=255) cgcaactccaatacagtgtcgctgttatcttttcctgccttcgctcctcatcttacttttctacagaccacaaacaggcgcctcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCaa < 1:162926‑M2/17‑1 (MQ=255) cgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgacgcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCaa < 2:457687‑M2/17‑1 (MQ=255) cacacattcaacaaactggtgctgatatggtttcatcgcctcgctcctcatcttacctttctacagactaacaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttcttcCGTCCCCTGCACTTCaa < 1:163773‑M2/17‑1 (MQ=255) gcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTtcact > 2:165151‑M2/126‑141 (MQ=255) gcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAat > 2:636867‑M2/126‑143 (MQ=255) tgcaataaactggcgctgagaggggggcaggccgtcgctcctcatcgtacgtggctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaagtcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgc < 2:234208‑M2/23‑1 (MQ=255) caataacctggcgctgatatcgtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcattcgtctccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATgcgc < 2:689761‑M2/25‑1 (MQ=255) ataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgcctttaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGccc < 1:792173‑M2/27‑1 (MQ=255) taaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCCCTGATGCGCCCg > 2:32612‑M2/116‑143 (MQ=255) ttccgctgatcttgtttcatctcttctctcctcatcttgcttttctacagacaaaaaaaaggctactcaccagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTc < 1:985354‑M2/33‑1 (MQ=255) ggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCg < 2:824598‑M2/34‑1 (MQ=255) gcgctgctatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacacaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGCTGCGCCCGACTTCgg > 2:181634‑M2/109‑143 (MQ=255) ctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCTCgtcttccatca > 2:398645‑M2/106‑138 (MQ=255) gatatggtttcatgccttcgcccctcatcttacttttcgacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatc < 1:1054853‑M2/40‑1 (MQ=255) tatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcaccagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccatctgcCTCCCCCTGCACTCCCATGATGCGCCCCTCTtctgtcacaac > 1:612446‑M2/102‑139 (MQ=255) ggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAc > 2:421139‑M2/99‑143 (MQ=255) tttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGAtgcgcacgaattcgcgcataacaccat > 1:2545‑M2/97‑130 (MQ=255) ccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTc > 2:479626‑M2/90‑143 (MQ=255) ccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTc > 2:298343‑M2/90‑143 (MQ=255) cttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATCCGCCCGTCTTCGGTCCTCACTGCCTTCATGtct > 1:694154‑M2/89‑142 (MQ=255) tcgctcctcatcttacttttctacagacacaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGt < 2:430879‑M2/57‑1 (MQ=255) gctcctcatcttacttttctacagacaaagaaaaggcggcccatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtct < 1:32612‑M2/59‑1 (MQ=255) tcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGgtctcc > 1:253167‑M2/83‑142 (MQ=255) acttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGt > 2:927261‑M2/73‑143 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaacatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt < 1:1088201‑M2/73‑1 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagttagccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTACAAGTCGGTCTCTGCGGCCGAGTCt > 1:710209‑M2/71‑143 (MQ=255) catcagacaaaacaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagggccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCGATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACGACGTTCAGGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCaa < 1:165151‑M2/77‑1 (MQ=255) gagacaaaaaaacggcgactcatcagtcgccttaacagtccggttgccagcgccgccttctgtCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGt < 1:469641‑M2/80‑1 (MQ=255) agacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATACGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCTTCAGAGTCTTCAACGTa > 2:353286‑M2/63‑143 (MQ=255) gacaaacaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTACACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTAt < 2:1047959‑M2/82‑1 (MQ=255) gacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCTTCTTCGCTCATCACTACGTTCATGTCAGTCAATACAGCAAAATATTCAACGTAt > 2:78024‑M2/62‑143 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaataagattgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGGCTTCGGTCATACCGAGGTTCATGTCCGTCTCGCCGGCCGGGTCTTCAAGGTAtt > 1:185006‑M2/61‑143 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCACTGATGCGCCCGTCTTCGGTCCTCAATGCGGCGCTGTCGGTCTCTTCGGCCGCGTCCTCCACGtatttc > 2:200651‑M2/59‑141 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCCTCACTCGGATCAACACGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTCTTcc > 1:771356‑M2/59‑143 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTcc > 2:85110‑M2/59‑143 (MQ=255) aaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGGCTTGCACGTATTcc > 2:202368‑M2/59‑143 (MQ=255) aaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatccgttcgccagcgccggcgtcggcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCa < 2:406418‑M2/86‑1 (MQ=255) tttaaggcgactgatgagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCCATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGa > 1:951871‑M2/56‑143 (MQ=255) aaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGa < 1:198743‑M2/88‑1 (MQ=255) 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ccgtcgccttaaaaatcagttggccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCg < 1:900679‑M2/103‑1 (MQ=255) cagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCg < 2:963042‑M2/103‑1 (MQ=255) gtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCCACGTCTTCCAGATCGCAAACCGCTTCGcc > 2:24159‑M2/39‑143 (MQ=255) cgcctgcaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGt < 1:460151‑M2/107‑1 (MQ=255) gcctcaaaaatcagttcgccaccgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACCACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGtt < 1:91636‑M2/108‑1 (MQ=255) ccttaaaaatcagtttgccagcgccgcattctgtCGTTGGCTGTACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTc < 2:741514‑M2/109‑1 (MQ=255) cttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTca < 1:421139‑M2/110‑1 (MQ=255) aaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATGCCAGATCGCACACCGCTTCGCCGTTCACAAtt > 1:378396‑M2/29‑143 (MQ=255) ctgtgtgtctgcgcgggcttctgcCGTCCCCGGCACTTCAATGATGCGCCCGTGTTCGGTCATCACTACGTTTATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGa < 1:893911‑M2/119‑1 (MQ=255) ggtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCTTTGCAATTATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGAc < 1:479626‑M2/120‑1 (MQ=255) agtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATGACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGAc < 2:551657‑M2/120‑1 (MQ=255) agtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGAc < 1:298343‑M2/120‑1 (MQ=255) ccgccgccgtcgtctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCAGCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACTTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAAc < 1:288716‑M2/126‑1 (MQ=255) gcgccgccttctgtCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCTGTGTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCGCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGc < 1:438711‑M2/129‑1 (MQ=255) gcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAACCCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGc > 2:12855‑M2/15‑143 (MQ=255) tctgcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCAt > 2:667770‑M2/6‑143 (MQ=255) gcCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATccc < 1:636867‑M2/141‑1 (MQ=255) cCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCCGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAAACGATTCGCCGTTCACAATTCCGACAGCAAATgcggctacgctctct > 1:788679‑M2/2‑136 (MQ=255) | ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCATCCCT > NC_000913/3815798‑3816081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |