| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4158459 | 55 (1.220) | 3 (0.070) | 3/270 | 6.5 | 5.6% | intergenic (‑66/‑30) | oxyS/oxyR | sRNA antisense regulator activates genes that detoxify oxidative damage, Hfq‑dependent/oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| ? | NC_000913 | = 4158469 | 48 (1.120) | intergenic (‑76/‑20) | oxyS/oxyR | sRNA antisense regulator activates genes that detoxify oxidative damage, Hfq‑dependent/oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGCTTTAGTTATTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTA > NC_000913/4158317‑4158600 | ggacttAGTTATGCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCa < 1:440571/139‑1 (MQ=255) gCTTTAGTTATTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCCGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTCTCGCCAt > 1:537381/1‑143 (MQ=255) gCTTTAGTTATTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCAt < 1:638073/143‑1 (MQ=255) tttAGTTATTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTCCCTATCGCCATGa > 1:41848/1‑143 (MQ=255) ttAGTTATTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATAGTTAATTGCTATTTTACATATCGCAATGaa > 1:603232/1‑143 (MQ=255) ttAGTTATTCGAGTTGAGAAACTCTAGAAACAGCCATTGACGTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGaa < 1:739597/143‑1 (MQ=255) gTTATTTGAGTTGTGATACTCTTGAAAGGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGGTCCGTTTCTGGGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTa < 1:487788/143‑1 (MQ=255) tATTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATc < 1:676692/143‑1 (MQ=255) ttCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTTCCTATCGCCATGAACTATCGt > 2:365782/1‑143 (MQ=255) tgcgaggcgagcAACTCTCGAAACGGGCAGTGACGTCAAGGGTAAAAGGAGGTGCCGCTCCGTTCCTGTGAGCAATTAGCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCAGTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGt < 1:150603/135‑1 (MQ=255) gTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGa < 1:653303/143‑1 (MQ=255) cgaAACTCTCGAGACGGGCCGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATgga < 2:182156/142‑1 (MQ=255) agaAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATgga > 2:576171/1‑143 (MQ=255) agaAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCAATgga > 2:462568/1‑143 (MQ=255) agaAACGCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATgga < 2:352065/143‑1 (MQ=255) aaaCTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGTGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCCATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCGACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATggagg < 2:71638/143‑1 (MQ=255) aCTCTCTAAACGGGCAGGGACTTCAAGGGTTACAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAggat < 1:92013/143‑1 (MQ=255) aCTCTCGAAACGGGCAGCGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAggat < 2:290563/143‑1 (MQ=255) aaaCGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGCggttggctcac > 2:672510/1‑138 (MQ=255) aGTGACTTCAAGGGTTAAAAGCGGTGTCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTc < 2:9053/143‑1 (MQ=255) aGTGACTTCAAGAGTTAAAAGAGGTGCCGGTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTc < 1:458060/143‑1 (MQ=255) gTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCg < 1:119599/143‑1 (MQ=255) tGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAGTGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCGATTCTACCTATCGCCATGAGCTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGt < 2:470109/143‑1 (MQ=255) ttCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGAGGGAGGATGGATAATGAAGATTCGTGATc > 2:371009/1‑143 (MQ=255) ttCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTCGCGATGTAGGTTGGGTCATGGATATTCGTTAta > 2:182605/1‑142 (MQ=255) aaGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTg > 1:455210/1‑143 (MQ=255) aaGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTGCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTg < 1:334079/143‑1 (MQ=255) ggTTACAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGt < 1:366008/143‑1 (MQ=255) gcgctGCCGCTCCGTCTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCtggtg < 1:413282/139‑1 (MQ=255) gagGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCtgggg > 2:480005/1‑141 (MQ=255) ccGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGCCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGCTCTTCAGAACCTGGTGGCATTg > 2:657623/1‑143 (MQ=255) cttttCTGTGAGCAATTGTCAGTCAGAATGCTTGATAGGGGTAATCGTTCAGTGCTAGTCTAGCTATCGCCAGGAACGAGCGTGGTGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGaa < 2:147746/141‑1 (MQ=255) cGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGACTATTCGTGATCTTGACTACCTGGTGGCATTGGCTGaa > 1:136118/1‑143 (MQ=255) cGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGaa < 2:420199/143‑1 (MQ=255) tttCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGGTAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAaca < 1:232505/143‑1 (MQ=255) tttCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTCGCATTGGCTGcaca > 2:423400/1‑143 (MQ=255) ttCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGAT‑ATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACAcc < 1:441688/143‑1 (MQ=255) tCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACAcc < 1:542832/143‑1 (MQ=255) tgAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAacaaaccag > 1:603875/1‑137 (MQ=255) tcagtcagAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGt > 1:533385/1‑143 (MQ=255) agAATGCGTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCa < 1:495347/143‑1 (MQ=255) cTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTCTCCCCGTGAACTATCGTGGCGTTGGAGGATGGATACTGAATAGGCGTGATGTTGTGGACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCCTTTTCGGCGTGCGGCAGAGTcc > 2:728472/1‑143 (MQ=255) ttGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCt > 2:766509/1‑143 (MQ=255) tcgttcgtTGCTATTCTACCTATCGACATGAACTATCGTGGCGATGGAGGACGGATAATGAATATTCGTGATCTGGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTagcca < 1:182605/143‑1 (MQ=255) cGTTCATTGCTAGTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTagccag < 1:419729/143‑1 (MQ=255) aTTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGCATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGAc > 2:96300/1‑143 (MQ=255) tGCTATTCTACCTATCGCCATGCACTATCGTGGCGATGGAGGATCGATAATGAATATTCGTGATCTTGCGTACCGGGTGGCATTGGCTGACCACCGCCATTTTCGCCGTGCGGCAGCTTCCTGCCACGTCAGCCAGCCGACGc > 2:292975/1‑143 (MQ=255) tGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCAGTGGCTGAACACCGCCATTTTGGGCGTGCGGGAGATTCCTGGCACGTTAGCCAGCCGACGc > 2:693282/1‑143 (MQ=255) tATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATCGATAATGCATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCGCGTTCGCCAGCCGACGCTTa > 2:101913/1‑143 (MQ=255) cTACCTTTCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAACGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCgg < 1:203530/143‑1 (MQ=255) tCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGCTCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTCACCGGGcgactt > 2:26775/1‑138 (MQ=255) cGCTATGGACTATCTTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTCACCTTGCGTACCTGGTGGCATTGGCCGAACACCGCCATTTTCGGGGTGCGGCAGATTCCTGCCTCGTTAGCCAGCGGACGCTTAGCGGGCAAATTc < 2:409660/143‑1 (MQ=255) cGCCATGACCTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTc < 2:525320/143‑1 (MQ=255) gCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGACGACGCACATCGGGCAAATCCg > 2:583352/1‑143 (MQ=255) gCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGGGCGGCAGGTTCCTGCCCCGGTAGCCAGCCGACGCCtggctggctccttcg > 1:67795/1‑136 (MQ=255) cATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTa < 2:276151/143‑1 (MQ=255) | GGCTTTAGTTATTCGAGTTGAGAAACTCTCGAAACGGGCAGTGACTTCAAGGGTTAAAAGAGGTGCCGCTCCGTTTCTGTGAGCAATTATCAGTCAGAATGCTTGATAGGGATAATCGTTCATTGCTATTCTACCTATCGCCATGAACTATCGTGGCGATGGAGGATGGATAATGAATATTCGTGATCTTGAGTACCTGGTGGCATTGGCTGAACACCGCCATTTTCGGCGTGCGGCAGATTCCTGCCACGTTAGCCAGCCGACGCTTAGCGGGCAAATTCGTA > NC_000913/4158317‑4158600 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |