| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,542 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,542 | 0 | C | A | 96.5% | 158.4 / NA | 57 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (25/30); total (26/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCC > NC_000913/4184404‑4184679 | tGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACACGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTCCGCCGGCAGACATCGTATTCAGCCAGCTg > 1:558700/1‑143 (MQ=255) cGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGc < 1:128370/143‑1 (MQ=255) cGGTGAAACGCCGTCGGCACCCTGGTGACGAGATGGCAGGGCGTCGCGGTAACAAGGGTGTACTTTCTCAGATCAGCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGc < 2:449709/143‑1 (MQ=255) ttAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTa > 1:291080/1‑143 (MQ=255) 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2:240901/143‑1 (MQ=255) ataTGGCAGGTCGTCAGGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGGTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATc < 2:134769/141‑1 (MQ=255) aGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATCAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCCGGACGTACCGGCTCGTA‑GAACGATCCCTCAGATc > 2:248623/1‑143 (MQ=255) aGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCCTACGATGAAAACGGTACGCCGGTATACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATc < 1:612875/143‑1 (MQ=255) gATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGTGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTAGTATGAAC‑ATCGGTCAGCTcc > 1:278244/1‑143 (MQ=255) gATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTCACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGACCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAAC‑ATCGGTCCGATcc > 1:456892/1‑143 (MQ=255) 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> 1:23213/1‑143 (MQ=255) gtcgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGAACGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGGCAGATCCTCGAAAcc > 1:385871/1‑143 (MQ=255) cgtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGGCAGATCCCCGAAACCCa > 2:744399/1‑143 (MQ=255) gtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGGTGGGCGTACCGTCGCGTATGAAG‑ATCGGTCAGGTCCTCGAAACCCag > 1:315378/1‑142 (MQ=255) cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATAGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACcctcct > 1:657104/1‑143 (MQ=255) aCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGCCACCCACCTg > 2:317905/1‑143 (MQ=255) 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< 1:569304/143‑1 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:153083/1‑143 (MQ=255) gaatagcTAAGATAAACTGGATAGAAGAGAGGCGTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTTGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:409562/137‑1 (MQ=255) aaTTTCTAAACTCACCCCGATAGAAGAAATGCTTTAAGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 1:488631/143‑1 (MQ=255) cTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATc > 1:756952/1‑143 (MQ=255) tAAGAACAACCCGATCGACGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg < 1:123840/143‑1 (MQ=255) 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> 2:683465/1‑141 (MQ=255) tCGAAGATATGCCTTACGATTAGATCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc < 2:683936/143‑1 (MQ=255) gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGc < 2:137283/143‑1 (MQ=255) atatGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAGC‑ATCGGTCAGATCCGCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATg < 1:307095/143‑1 (MQ=255) cTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCCACAAGATCAACGCCATGCTGaaa > 2:456500/1‑143 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGGACTGAACCAGCTGGGCGTGCCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAc > 2:412044/1‑143 (MQ=255) 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< 1:98064/140‑12 (MQ=255) ggTACTGAACGCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCGCCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAt < 2:595648/142‑1 (MQ=255) cGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCCTGCGGGAACAGCAGCACGCAGGCGCGAAACTGCGCGaag > 1:231584/1‑142 (MQ=255) gAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATcc < 2:456892/143‑1 (MQ=255) | TGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAC‑ATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCC > NC_000913/4184404‑4184679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |